全国共同利用大規模並列計算システム OCTOPUSの利用方法について解説します。
OCTOPUSについて知りたい方はこちらをご覧ください。
はじめに
1.接続
ログイン方法
ログイン方法(HPCI利用者向け)
ファイル転送方法(ローカル⇔OCTOPUS)
ファイル転送方法(SQUID⇔OCTOPUS)
ファイル転送方法(アカウントA⇔アカウントB)
共用ストレージ利用方法(HPCI利用者向け)
2.フロントエンド
フロントエンド利用方法
ファイルシステム利用方法
利用状況の確認方法
3.プログラム作成方法
プログラム作成の基礎知識
エディタ利用方法
intelコンパイラ, intel MPIコンパイラの使い方(Fortran/C/C++)
GNUコンパイラの使い方(Fortran/C/C++)
PGIコンパイラの使い方(Fortran/C/C++)
Python(2.7/3.4)の使い方
Octaveの使い方
Rの使い方
Juliaの使い方
開発支援ツールの使い方
4.プログラム実行方法
バッチ利用について
ジョブスクリプトの書き方
サンプルスクリプト集
スケジューラコマンドについて
OCTOPUSジョブクラス表
ポイント制度について
計算の実行待ち時間を短縮するために
汎用CPUノードの利用方法
基本的な利用方法
最適化/SIMD化 利用方法
OpenMP/自動並列化利用方法
intelMPI利用方法
intelMPI+ノード内並列 利用方法
OpenMPI利用方法
MVAPICH2利用方法
インタラクティブ利用(現在停止中)
Xeon Phiノードの利用方法
GPUノードの利用方法
大容量主記憶搭載ノードの利用方法
5.アプリケーション利用方法
Anaconda
Caffe*
Chainer*
FreeFem++
GAMESS
Gaussian16*
GROMACS*
HΦ
Intel MKL
Intel Parallel Studio XE ツール群
OpenFOAM
LAMMPS*
TensorFlow*
Theano*
Torch
Caffe*
Chainer*
FreeFem++
GAMESS
Gaussian16*
GROMACS*
HΦ
Intel MKL
Intel Parallel Studio XE ツール群
OpenFOAM
LAMMPS*
TensorFlow*
Theano*
Torch
ABINIT-MP
FrontFlow/blue
FrontISTR
GENESIS
MODYLAS
NTChem
OpenMX
PHASE/0
SALMON
SMASH
mVMC
AkaiKKR
ALAMODE
Phonopy
FrontFlow/blue
FrontISTR
GENESIS
MODYLAS
NTChem
OpenMX
PHASE/0
SALMON
SMASH
mVMC
AkaiKKR
ALAMODE
Phonopy
*が付いているソフトウェアはGPUに対応しています。