OCTOPUSでは、有限要素法シミュレーションのためのドメイン固有言語FreeFem++(3.61-1)をご利用いただけます。
利用方法
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1ノード内でのOpenMP 並列版はFreeFem++-nw、複数ノードでの実行も可能なMPI並列版はFreeFem++-mpiです。
事前にexportコマンドでPATHを設定してください。
$ export PATH=/octfs/apl/FreeFem/3.61-1/bin:$PATH
$ FreeFem++-nw file.edp
バッチジョブで実行してください。
1ノード内でのOpenMP並列版のジョブスクリプト例は下記の通りです。edpファイル(file.edp)をスクリプトソースファイルとして与えています。/octfs/apl/FreeFem/example/EDP にスクリプトの例、test-PARDISO.edpとtest-MUMPSseq.edpがあります。
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#!/bin/bash #PBS -q OCTOPUS #PBS -l cpunum_job=24,elapstim_req=1:00:00 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=24 #PBS -v MKL_NUM_THREADS=24 cd $PBS_O_WORKDIR export PATH=/octfs/apl/FreeFem/3.61-1/bin:$PATH FreeFem++-nw ./file.edp |
複数ノード内でのMPI並列版のジョブスクリプト例は下記の通りです。edpファイル(file.edp)をスクリプトソースファイルとして与えています。/octfs/apl/FreeFem/example/EDP にスクリプトの例、test-MUMPS.edp、test-hpddm.edp、test-hypre.edp があります。
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#!/bin/bash #PBS -q OCTOPUS #PBS -l elapstim_req=1:00:00 #PBS -T intmpi #PBS -b 1 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=1 #PBS -v MKL_NUM_THREADS=1 cd $PBS_O_WORKDIR export PATH=/octfs/apl/FreeFem/3.61-1/bin:$PATH mpirun ${NQSII_MPIOPTS} -np 24 FreeFem++-mpi ./file.edp |
バッチジョブの投入方法はこちらを御覧ください。
qsubコマンド
