Anacondaはデータサイエンス向けに作成された、Python向けのディストリビューションです。
本ページでは、Anacondaで自分自身のpython環境(仮想環境)を作成し、必要なソフトウェアのインストール方法を解説します。
 
Anacondaは、以下のサイトで配布されています。詳細な利用方法はこちらをご参照ください。
Anaconda.com
※Anacondaの利用規約により、産業利用ではご利用いただけませんので、ご注意ください。
 

利用方法

仮想環境の一覧表示

    すでに構築済の仮想環境一覧を表示します。

    conda info -e

    # conda environments:
    #
    base * /system/apps/rhel8/cpu/Anaconda3/2020.11

     

仮想環境の新規作成

    新規に、test-envという仮想環境をユーザ領域に作成する際の手順を示します。

    まず、仮想環境の生成先として、work領域配下のconda_envディレクトリを指定します。（特に何も指定しなかった場合、home領域配下の.condaディレクトリで仮想環境が生成され、容量オーバーとなる可能性があります）

    conda config --add envs_dirs /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_env
    conda config --add pkgs_dirs /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_pkg

    仮想環境test-envを生成します。

    conda create --name test-env python=3.8

    仮想環境一覧を表示すると、test-envが生成されていることがわかります。

    conda info -e
    # conda environments:
    #
    test-env /sqfs/work/group-name/user-name/conda_env/test-env
    base * /system/apps/rhel8/cpu/Anaconda3/2020.11

     

仮想環境の有効化

    仮想環境test-envを有効にします。

    conda activate test-env

     

仮想環境上でのソフトウェアインストール

    仮想環境test-envにPythonのライブラリnumpyをインストールします。
    計算ノード上から外部への通信はできませんので、必ずログインノードで実施してください。

    conda install numpy

     

仮想環境の無効化

    仮想環境test-envを無効にします。

    conda deactivate

     

SQUID計算ノードでの利用方法

仮想環境「test-env」を有効化しtest.pyを実行する場合、以下のようなジョブスクリプトを作成してください。

Anaconda 仮想環境で導入したOpenMPI(mpi4py)を複数ノードで利用する場合、以下のようなジョブスクリプトとモジュールファイルを作成してください。モジュールファイルを使って、各ノードにMPIの設定を展開します。
以下は、AnacondaでopenMPIおよびmpi4pyを導入した仮想環境my-conda-envを使って、sample.pyを4ノードで動作させるスクリプト例です。

モジュールファイル例

ジョブスクリプト例(omp-modulesは上記のモジュールファイル名です)