Gaussianは、非経験的分子軌道計算プログラムとして広く使用されている ソフトウェアです。大規模計算機システムでは、バッチリクエストによる Gaussian09.D.01 の利用が可能となっております。
※Gaussian16の利用方法はこちらをご参照ください。

 

なお、Gaussianの利用は申請制としております。利用を希望される方は以下のページをご覧ください。

Gaussian09 申請について
 

基本的な利用方法

Gaussianの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可していますので、フロントエンドノードに接続し、計算に必要な入力データ、ジョブスクリプトを作成後、ジョブ投入して行います。

 

※Gaussianについてのマニュアルは公式HPのオンラインマニュアル(英語)をご参照ください。

 

入力データ、ジョブスクリプトは、ローカル端末で作成するか、フロントエンドノードに接続し、vi, emacsなどのテキストエディタで作成します。エディタの使い方についてはこちらをご参照ください。
以下に入力ファイル、ジョブスクリプトの例と、ジョブ実行について説明します。

 

入力ファイルの作成

はじめに、入力ファイルを作成します。エディタを用いて、以下の例(水のシングルポイントエネルギー計算)を記入し、適当な名前で保存します。
ここでは、“single_point_energy_calc_on_water”という名前で保存します。

 

1行目 Link0コマンド行:
スクラッチファイルの位置と名前(終端に空行を入れません)
この例では、チェックポイントファイルの場所と名前を指定します。
2行目 この例では改行が入っていますが、実際は必要ありません
3行目 ルートセクション(# 行):
行いたい計算のタイプ,モデル化学やその他オプションを指定(空行で終わりを示す)
5行目 タイトルセクション:
計算の簡単な説明(空行で終わりを示す)
7行目 分子指定:
検討する分子系の指定(空行で終わりを示す)
この例では、0 電荷(中性分子),スピン多重度 1 (一重項)
8行目-10行目:
分子中の各原子の位置を指定
11行目-12行目:
ファイルの終わりには必ず改行を入れてください。(改行が無い場合、エラーになります)

 

入力ファイルについての詳しい説明は、公式HPのオンラインマニュアルをご参照ください

 

ジョブスクリプトの作成

次に、ジョブスクリプトを作成します。
こちらも、エディタを用いて、以下に示す例を記入し、“vcc_water.sh”として保存します。

 

ジョブスクリプトの内容についての詳しい説明はこちらをご参照ください。ここでは、Gaussian利用で必要な項目について説明します。
2行目:実行キューを指定
4行目、5行目:環境変数を設定
環境変数

PBS_O_WORKDIR NQSII用の環境変数で、qsub コマンドを実行した時のカレントディレクトリが設定されます。
GAUSS_SCRDIR スクラッチディレクトリが設定されます。
ディレクトリを指定していない場合は Gaussian を実行したディレクトリがスクラッチディレクトリとなります。

6行目:設定ファイルの読み込み
7行目:グループを変更
9行目:Gaussian起動コマンド

 

作成しておいた入力ファイルをリダイレクト(<)で入力し、結果を“result”へリダイレクト(>)しています

 

この二つのテキストファイルが完成したら、ジョブを投入します。

% qsub vcc_water.sh (enter)

実行が成功すると、結果ファイル“result”に計算結果が保存されます。

 

計算結果例(ファイル80行目から抜粋)

注意事項

※ 標準出力/標準エラー出力ファイルは、制限していますので、リダイレクション(>)を使いファイルに出力して下さい。
※ Gaussian の出力ファイルは非常に大きくなる場合があり、実行中にホーム領域の制限を越えてしまうことがありますので、一時ファイル領域(/ext/cmc/利用者番号)で実行するか、またはスクラッチディレクトリをこの領域に指定して下さい。(ただし、/ext/cmc/利用者番号の利用は「ディスク追加オプション」の申込が必要
※ 共有メモリ並列実行を行う場合は、Gaussian の入力ファイルにLink0 コマンドを正しく設定して下さい。
  http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_link0.htm