LAMMPSは、オープンソースの分子動力学アプリケーションです。当センターではバッチリクエストによる LAMMPS(22 Aug, 2018) の利用が可能となっております。
LAMMPSの利用は申請不要です。大規模可視化対応PCクラスタの利用を申し込まれた方は、どなたでも利用可能です。
 
LAMMPSは試験サービス中です。本ページに記載しているような「基本的な利用」についてのサポートは可能ですが、チューニング等の技術サポートはいたしかねますので、ご了承ください。
 

基本的な利用方法

LAMMPSの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。
フロントエンドノードに接続し、計算に必要な入力ファイル、ジョブスクリプトを作成後、ジョブ投入して行います。
LAMMPSを利用する際のジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
 
※LAMMPSについてのマニュアルは公式HPをご参照ください。
 

ジョブスクリプトの作成

以下の例は80プロセス(4ノード使用、ノード当たり20プロセス)でLAMMPSを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではlammps.shとしています。

 

(解説)
6行目はintelMPIのmpiexecコマンドでLAMMPSを実行しています。コマンドは下記の通りです。

mpiexec -np (総並列数)実行ファイル名(/sc/cmc/apl/LAMMPS/lammps-22Aug18/bin/lmp_mpi < (入力ファイル)

 
LAMMPSのインストールディレクトリは下記になります。

/sc/cmc/apl/LAMMPS/lammps-22Aug18/
/sc/cmc/apl/LAMMPS/lammps-16Feb16/こちらは旧バージョン(16 May,2016)になります
/sc/cmc/apl/LAMMPS/lammps-15May15/※こちらは旧バージョン(15 May,2015)になります

導入したパッケージは下記の通りです。

ASPHERE,BODY,CLASS2,COLLOID,COMPRESS,CORESHELL,DIPOLE,
GPU,GRANULAR,KSPACE,LATTE,MANYBODY,MC,MEAM,MISC,MOLECULE,
MPIIO,OPT,PERI,POEMS,PYTHON,QEQ,REAX,REPLICA,RIGID,SHOCK,
SNAP,SPIN,SRD,USER-ATC,USER-AWPMD,USER-BOCS,USER-CGDNA,
USER-CGSDK,USER-COLVARS, USER-DIFFRACTION,USER-DPD,USER-DRUDE,
USER-EFF,USER-FEP, USER-INTEL,USER-LB, USER-MANIFOLD,USER-MEAMC,
USER-MESO,USER-MGPT,USER-MISC, USER-MOFFF,USER-NETCDF,USER-OMP,
USER-PHONON,USER-QTB,USER-REAXC,USER-SMTBQ,USER-SPH,USER-TALLY,
USER-UEF,USER-VTK

LAMMPSの各種入力ファイルについては公式HPをご覧くださいませ。
 
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
 

実行方法

作成したジョブスクリプトを投入します。

% qsub lammps.sh

実行が成功すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。
 
 

GPU版LAMMPSの利用方法

大規模計算機システムでは、バッチリクエストによる GPU版LAMMPS の利用も可能となっております。
 
GPU版LAMMPSを利用する際のジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
 

ジョブスクリプトの作成

以下の例は20プロセス(1ノード使用20プロセス)でGPU版LAMMPSを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではlamps.shとしています。
 

 

(解説)
LAMMPSのインストールディレクトリは下記になります。

/sc/cmc/apl/LAMMPS-GPU/lammps-22Aug18

導入したパッケージは下記の通りです。

ASPHERE,BODY,CLASS2,COLLOID,COMPRESS,CORESHELL,DIPOLE,GPU
GPU,GRANULAR,KSPACE,LATTE,MANYBODY,MC,MEAM,MISC,MOLECULE,
MPIIO,OPT,PERI,POEMS,PYTHON,QEQ,REAX,REPLICA,RIGID,SHOCK,
SNAP,SPIN,SRD,USER-ATC,USER-AWPMD,USER-BOCS,USER-CGDNA,
USER-CGSDK,USER-COLVARS, USER-DIFFRACTION,USER-DPD,USER-DRUDE,
USER-EFF,USER-FEP, USER-INTEL,USER-LB, USER-MANIFOLD,USER-MEAMC,
USER-MESO,USER-MGPT,USER-MISC, USER-MOFFF,USER-NETCDF,USER-OMP,
USER-PHONON,USER-QTB,USER-REAXC,USER-SMTBQ,USER-SPH,USER-TALLY,
USER-UEF,USER-VTK

LAMMPSの各種入力ファイルについては公式HPをご覧くださいませ。
 
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
 

実行方法

作成したジョブスクリプトを投入します。

% qsub lammps.sh

実行が成功すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。