Affiliation：Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

Abstract：緑膿菌(PA)と好熱性細菌(HT)由来のシトクロム(Cyt) c蛋白質のキメラ・ヘテロ・二量体は、それぞれの活性中心に酸化還元機能を持つヘム補因子を有するため、二量体間の電子移動を起こすと考えられる。この研究では、GPU加速化された分子動力学(MD)シミュレーションプログラムNAMDを、Tesla P100が１ノード当たり4機搭載されたOCTOPUS上で用いて、このCyt c二量体の構造熱揺らぎを調べた。MDスナップショットの構造に対するX線結晶構造からの平均二乗偏差(RMSD)を計算すると、溶媒中では複数の準安定構造を持つことが分かった。