Author：Yoshiyuki Kido
Affiliation：Okayama University of Science
Abstract：本研究は，遺伝子ネットワーク推定アプリケーションINGORを対象に，GPGPUおよびベクトルプロセッサを活用した高速化を図る．ボトルネックを特定して計算核を最適化し，アクセラレータ対応により大規模データでも現実的な計算時間で推定を可能にする．INGORは遺伝子相関のネットワーク構造推定するために，遺伝子ごとの発現量をB-Spline回帰でモデル化し，遺伝子の発現量のモデルから相関をスコアで算出する．そのためB-Spline回帰での行列計算とスコア計算のスカラ計算が交互に現れる特徴がある．本研究では，データ数，サンプル数に合わせ最適化を行う必要があり，T-細胞での発現量データでの最適化を試みた．

 

Publication related to this research
（International conference paper）

• Yoshiyuki Kido, Sosuke Kamisako, Yoshinori Tamada, Yasushi Okuno, "Optimizing Gene Regulatory Networks Inference Application on a Vector Processor", 2025 2nd Beyond Technology Summit on Informatics International Conference (BTS-I2C), pp.66-71, Dec. 2025.

 

（Domestic conference/workshop）

• 藤本賢人, 上廻蒼介, 木戸善之, 玉田嘉紀, 奥野恭史, "遺伝子ネットワーク推定アプリケーションのベクトルプロセッサ適用にかかる評価", 電子情報通信学会技術研究報告書（SWoPP2025）, vol. CPSY2025-30, pp.36-41, Aug. 2025.