A rapid screening method for protein-protein interactions using AI program
Authors:Kawaguchi Shinichi
Affiliation:Osaka University, Graduate School of Frontier Biosciences
Abstract:生命現象の根幹であるタンパク質の働きは、多くの場合、相互作用を通じて発揮される。大規模なタンパク質間の相互作用候補について、AIによる複合体予測を行い、生化学的実験へのボトルネックを緩和することが期待されている。本研究では、生殖細胞に存在するタンパク質集積体(ヌアージュ顆粒)に局在する20種類のタンパク質間について、AlphaFold2を用いた複合体予測を行った。Spn-EとTejというタンパク質ペアの場合、Tejタンパク質のC末側ドメインがSpn-Eと相互作用することが予測された。その他にも、高いスコアを示すタンパク質ペアが得られており、in silicoスクリーニングの有効性が示された。
Publication related to your research:
(Journal paper)
- Y Lin, R Suyama, S Kawaguchi, T Iki, T Kai, Tejas functions as a core component of nuage assembly and precursor processing in Drosophila piRNA biogenesis. bioRxiv 2022.07.12.499660 2022年
(Domestic conference/wokrshop)
- 河口 真一, 甲斐 歳恵, "AlphaFold2プログラムを用いて、生殖細胞特異的なヌアージュ構造体のタンパク質間相互作用を予測する", 第3回有性生殖研究会, Mar. 2023.
Posted : March 31,2023