Author：Ken Matsuoka
Affiliation：Department of Medical Biochemistry, Graduate School of Medicine/Frontier Biosciences, The University of Osaka
Abstract：空間トランスクリプトミクス（MERSCOPE）のマウス心臓組織データ（815GB）に対し、SOPAパイプラインとCellpose（CPSAMモデル）による細胞セグメンテーションを実施。SQUID GPUノードで約46時間の処理を行い、4,372,552個の細胞境界を検出し従来手法比で大幅に増加した。一方、1細胞あたりの遺伝子発現カウントが不十分で下流解析への直接応用には至らず、データ取得条件やリード深度の最適化が今後の課題である。