オープンソースの量子化学計算アプリケーションソフトウェアです。高速かつ高効率な並列計算手法により、ナノサイズ分子を分割せずにHartree-Fock法、DFT法、MP2法でエネルギーや構造最適化計算を実行することが可能です。公式サイトはこちらをご参照ください。
SMASHの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。ジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
ジョブスクリプトの作成
以下の例は2MPIプロセス x 38スレッド(1ノード使用)でSMASHを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではjob.shとしています。
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS -l cpunum_job=76 #PBS --group=<グループ名> #PBS -l elapstim_req=01:00:00 #PBS -b 1 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=38 module load BaseApp module load smash/2.2.0 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun ${NQSV_MPIOPTS} -np 2 smash < b3lyp-energy.inp |
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
実行方法
作成したジョブスクリプトを投入します。
% qsub job.sh
投入したジョブの状況確認方法はこちら。
実行が終了すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。