所属：近畿大学 理工学部¹・名古屋大学大学院 理学研究科²

概要：多くの色素サイトを持つ光合成系の光捕集機構を調べるために、電子非断熱分子動力学シミュレーションのプログラムを実装しベンチマークを行うことを目的とした。2019年に提案された新規準古典マッピング動力学法である修正線形化半古典(mLSC)法を採用し、MPIによる並列化プログラム実装した。その結果、FMO光合成アンテナ蛋白質3量体に対する24サイトモデルの励起エネルギー移動を、SQUID汎用CPUノード群・4ノード並列でシミュレートすることに成功した。