LAMMPSは、オープンソースの分子動力学アプリケーションです。SQUIDではバッチリクエストによる LAMMPS の利用が可能となっております。
※GPU版のLAMMPSは現在準備中です。
 
導入済のパッケージは下記の通りです。

ASPHERE,BODY,CLASS2,COLLOID,COMPRESS,CORESHELL,DIPOLE,GRANULAR,KSPACE,
MANYBODY,MC,MISC,MOLECULE,MPIIO,OPT,PERI,POEMS,PYTHON,QEQ,REPLICA,RIGID,
SHOCK,SNAP,SPIN,SRD,VORONOI,USER-ATC,USER-AWPMD,SER-BOCS,USER-CGDNA,
USER-CGSDK,USER-COLVARS,USER-DIFFRACTION,USER-DPD,USER-DRUDE,USER-EFF,
USER-FEP,USER-INTEL,USER-LB,USER-MANIFOLD,USER-MEAMC,USER-MESODPD,
USER-MGPT,USER-MISC,USER-MOFFF,USER-NETCDF,USER-OMP,USER-PHONON,USER-QTB,
USER-REAXC,USER-SMTBQ,USER-SPH,USER-TALLY,USER-UEF

基本的な利用方法（GPU利用無し）

LAMMPSの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。
フロントエンドノードに接続し、計算に必要な入力ファイル、ジョブスクリプトを作成後、ジョブ投入して行います。
LAMMPS(29-Oct-20)を利用する際のジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
 
※LAMMPSについてのマニュアルは公式HPをご参照ください。
 

ジョブスクリプトの作成

以下の例は152プロセス(2ノード使用、ノード当たり76プロセス)でLAMMPSを実行する場合のジョブスクリプトです。ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではlammps.shとしています。

 

LAMMPSの各種入力ファイルについては公式HPをご覧くださいませ。
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
 
 

実行方法

作成したジョブスクリプトを投入します。

% qsub lammps.sh

投入したジョブの状況確認方法はこちら。
実行が終了すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。