LAMMPS Seminar (3 of 4)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第3回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日 終了しました
第3回:2016年7月13日
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水) 終了しました
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月13日(水)
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 


Date : July 13, 10:30 a.m. - 5:00 p.m.
Instructor: 大阪大学サイバーメディアセンター
      jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
Venue: グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
     ▼グランフロント大阪のアクセスについてはこちらをご覧ください。
      タワーC9階については、こちらをご覧ください。
Type : 座学, 実習
Quota: 20名
Application deadline: July 12, 5:00 p.m.

参加受付は終了しました。