LAMMPS Seminar (3 of 4)
概要
LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第3回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
日 程 : | 第1回:2016年4月14日 終了しました 第2回:2016年6月1日 終了しました 第3回:2016年7月13日 第4回:8月開催予定 |
場 所 : | グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA |
定 員 : | 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。) |
参加資格 : | (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生
(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者 |
主 催 : | 大阪大学サイバーメディアセンター jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」 |
協 力 : | (一財)高度情報科学技術研究機構 |
内容
第1回 4月14日(木) 終了しました | |
10:00~12:00 | 事前準備(予習的な利用) ・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。 ・可視化ソフトのVMDもインストールする。 |
13:00~14:00 | 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介 (短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー) |
14:15~15:15 | 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算 (初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等) |
15:30~16:00 | 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform) |
16:15~17:15 | Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価) |
17:15~17:30 | 宿題と割り当て |
第2回 6月1日(水) 終了しました | |
10:00~12:00 | 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション) |
13:00~13:30 | LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門 (バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど) |
13:30~14:15 | VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付) |
14:30~15:15 | AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化 |
15:30~16:15 | VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化 |
16:15~17:15 | うめきたのVR可視化装置の利用 |
第3回 7月13日(水) | |
10:30~11:15 | LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針 |
11:15~12:00 | 上記の実習 |
13:00~14:00 | プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学) |
14:15~15:45 | 実習 |
16:00~17:00 | 各システムでの評価検討の宿題と割り当て |
第4回 8月開催予定 | |
10:30~12:00 | 各システムでの評価検討の相互レビュー |
13:00~ | 大規模並列分散データ解析などの講演や実習 |
参考資料
第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」
Date : July 13, 10:30 a.m. - 5:00 p.m.
Instructor: 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
Venue: グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
▼グランフロント大阪のアクセスについてはこちらをご覧ください。
タワーC9階については、こちらをご覧ください。
Type : 座学, 実習
Quota: 20名
Application deadline: July 12, 5:00 p.m.
参加受付は終了しました。