LAMMPS Seminar (4 of 4)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第4回目は、LAMMPS のReaxFF オプションについて、将来のManyCore システムに向けた自前改造の検討について、既存プログラムへの最適化適用の考え方と実践的な対応の仕方について、講演する。なお、現時点では、LAMMPS でのReaxFF のOpenMP 最適化などは、実施されていない模様であり、大規模化に向けては何らかの対処が必要な状況である。
第4回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
 

日　　程 : 第1回：2016年4月14日 終了しました
第2回：2016年6月1日 終了しました
第3回：2016年7月13日 終了しました
第4回：2016年8月3日
場　　所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定　　員 : １５名程度　（下記(1)と(2)のバランスを考慮する。）
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者
主　　催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協　　力 : （一財）高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回　4月14日(木) 終了しました
10:00～12:00 事前準備（予習的な利用）
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール（コンパイル）する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00～14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
（短い１本鎖の例とした、ハンズオンセミナー）
14:15～15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
（初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等）
15:30～16:00 多数本の高分子のシミュレーション（replicateとdeform）
16:15～17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算（ガラス転移温度の評価）
17:15～17:30 宿題と割り当て
第2回　6月1日(水) 終了しました
10:00～12:00 宿題の実施内容の発表（＋ディスカッション）
13:00～13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
（バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど）
13:30～14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算（実習付）
14:30～15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30～16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15～17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回　7月13日(水) 終了しました
10:30～11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15～12:00 上記の実習
13:00～14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務（座学）
14:15～15:45 実習
16:00～17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回　8月3日(水)
11:00～11:40 ReaxFF についての紹介
11:40～12:00 前回の復習（動作確認とプロファイル取得）
12:00～13:30 （昼食）
13:30～14:15 MD 計算などにおけるOpenMP によるManyCore 向けの並列対処の定石と、
OpenMP タスク並列による経過時間短縮法
14:15～15:00 MPI/OpenMP の実習体験

  • OpenMP での足し込み衝突回避の作業用配列を使う事例
  • 異なる計算をタスク並列する事例
15:00～15:15 （休憩）
15:15～16:00 対話型ミーティング：
各自、これまで３回のセミナーを受けてのLAMMPS 大規模計算等について
16:00～16:45 LAMMPS のReaxFF コードの最適化適用の試行的な実施
16:45～17:30 HPCI や京の申請に向けた性能データ取得 （解説・支援）

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 


Date : Aug 3, 11:00 a.m. - 5:30 p.m.
Instructor: 大阪大学サイバーメディアセンター
　　　　　 jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
Venue: グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
　　　　　▼グランフロント大阪のアクセスについてはこちらをご覧ください。
　　　　　　タワーＣ９階については、こちらをご覧ください。
Type : 座学, 実習
Quota: 20名
Application deadline: Aug 2, 5:00 p.m.

参加受付は終了しました。