Scaffold-Controlled Molecular Generation Using Multimodal Large Language Models
Author:Rikuto Takeuchi
Affiliation:Graduate School of Information Science and Technology, The University of Osaka
Abstract:創薬における分子設計の効率化を目指し、DrugAssist-7B(LLaMA-2 7Bベース)を用いたスキャフォールド制御付き分子生成手法を検証した。GNN(3層GCN)によるグラフ埋め込みを32トークンのprefixとしてLLMに注入する手法を提案し、Zero-Shot、Text SFT、Text+Graph SFT、Graph-Only SFTの4条件で実験およびAblation Studyを実施した。その結果、グラフ入力はLLMの推論時に無視されており、スキャフォールド制御はテキストプロンプト内のSMILES記述が支配的であることが判明した。
Affiliation:Graduate School of Information Science and Technology, The University of Osaka
Abstract:創薬における分子設計の効率化を目指し、DrugAssist-7B(LLaMA-2 7Bベース)を用いたスキャフォールド制御付き分子生成手法を検証した。GNN(3層GCN)によるグラフ埋め込みを32トークンのprefixとしてLLMに注入する手法を提案し、Zero-Shot、Text SFT、Text+Graph SFT、Graph-Only SFTの4条件で実験およびAblation Studyを実施した。その結果、グラフ入力はLLMの推論時に無視されており、スキャフォールド制御はテキストプロンプト内のSMILES記述が支配的であることが判明した。
Posted : March 31,2026


