Miniforgeのインストール方法

MiniforgeをOCTOPUSのHome領域にインストールする方法を解説します。OCTOPUSにログインし、以下の手順を実施してください。ここではMiniforgeのインストール先のディレクトリを /octfs/home/(利用者番号)/miniforge3としています。適宜ご自身のディレクトリ名に置き換えてください。

 

1. Miniforgeが使用するスレッド数を制限します。
OCTOPUSのフロントエンドのようにコア数が多い環境では、Mambaがハングする可能性があります。以下の環境変数を設定し、Mambaが使用するスレッド数を制限してください。

1 2	echo 'export MAMBA_EXTRACT_THREADS=8' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

2. Miniforgeのインストーラをダウンロードし、実行します。

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wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh bash ./Miniforge3-Linux-x86_64.sh # #以降、表示されるプロンプトに従ってインストールを進めてください # # Do you accept the license terms? [yes|no] #  → 利用規約への同意 #    yes # Miniforge3 will now be installed into this location: #  → インストール先の指定 #   /octfs/home/(利用者番号)/miniforge3 # Do you wish to update your shell profile to automatically initialize conda? #  → miniforgeの初期化 #    yes

3. Miniforgeの利用に必要な環境変数などを設定します。次回以降の設定は不要です。

1 2	source ~/.bashrc mamba config set auto_activate_base False # base環境を自動的に有効化しないようにする

※Minifogeをインストールすると~/.bashrcが更新されますが、すでにconda系のソフトウェアをインストール済の場合、~/.bashrcが正しく更新されない場合があります。その場合、.bashrcを編集し、「# >>> mamba initialize >>>」から「# <<< mamba initialize <<<」までの行を削除し、あらためて/octfs/home/(利用者番号)/miniforge3/bin/conda initを実行してください。

Miniforgeの利用方法

仮想環境の一覧表示

すでに構築済の仮想環境一覧を表示します。

mamba env list
Name Active Path
───────────────────────────────────────────────
base * /octfs/home/(利用者番号)/miniforge3

 

仮想環境の新規作成

新規に、test-envという仮想環境をユーザ領域に作成する際の手順を示します。

まず、仮想環境test-envを生成します。

mamba create --name test-env python=3.10

仮想環境一覧を表示すると、test-envが生成されていることがわかります。

mamba env list
Name Active Path
─────────────────────────────────────────────────────────────────
base * /octfs/home/(利用者番号)/miniforge3
test-env /octfs/home/(利用者番号)/miniforge3/envs/test-env

 

仮想環境の有効化

仮想環境test-envを有効にします。

mamba activate test-env

 

仮想環境上でのソフトウェアインストール

仮想環境test-envにPythonのライブラリnumpyをインストールします。
計算ノード上から外部への通信はできませんので、必ずログインノードで実施してください。

mamba install numpy

 

仮想環境の無効化

仮想環境test-envを無効にします。

mamba deactivate

 

OCTOPUS計算ノードでの利用方法

仮想環境「test-env」を有効化しtest.pyをOCTOPUS CPUノード1ノードで実行する場合、以下のようなジョブスクリプトを作成してください。
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#!/bin/bash #PBS -q OCT #PBS --group=(グループ名) #PBS -l elapstim_req=1:00:00   cd $PBS_O_WORKDIR mamba activate test-env python test.py

仮想環境・パッケージの保存先変更方法

デフォルトでは、Home領域以下の~/miniforge3ディレクトリに仮想環境とパッケージがインストールされます。そのため、多数の仮想環境を作成する場合や、多数のパッケージをインストールする場合、Home領域が容量オーバとなる可能性があります。

 

以下のコマンドで仮想環境とパッケージの保存先をWork領域以下に設定してから仮想環境を作成することにより、Home領域の容量オーバを防ぐことができます。

mamba config prepend envs_dirs /octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/mamba_envs
mamba config prepend pkgs_dirs /octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/mamba_pkgs