F_UFMTENDIAN環境変数を指定することで可能です。
 
ただし、当センターで採用しておりますスケジューラ(NQSII)の仕様で、「setenv」で環境変数を指定すると、マスターノードにのみ有効に働き、スレーブノードには反映されません。（マルチノードジョブの場合です。シングルノードジョブの場合ですとsetenvでも問題なく動作します。）
 
ジョブスクリプトの中で、以下のように指定していただくと、すべてのノードに反映されます。
 
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#PBS -v F_UFMTENDIAN=［装置番号］
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【参考情報】
ジョブスクリプト 環境変数の指定
 
NQSIIマニュアル(p.342 - p.343) ※利用者番号で認証が必要