所属：微生物病研究所 遺伝情報実験センター 感染症メタゲノム研究分野

概要：
目的：次世代シーケンサーから出力されるデータは膨大であり，解析には多大な計算資源を要する．そこで共同研究用に次世代シーケンサーデータの解析パイプラインを構築し，計算資源のバックアップとしての利用検討を行う．
内容：OCTOPUS上で実行可能な解析環境を構築し，解析を行った．
結果：我々が独自に導入している計算機群と同様の解析環境を，OCTOPUS上に構築・実行できることが確認できた．一方で，共同利用していることから来るジョブ実行までの待ち時間や，ストレージやジョブ管理における差異についてはユーザ側で対処する必要があることが分かった．

論文掲載,発表実績:
（学術雑誌掲載論文）

• Hidenori Yoshizawa, Daisuke Motooka, Yuki Matsumoto, Ryuichi Katada, Shota Nakamura, Eiichi Morii, Tetsuya Iida, Hiroshi Matsumoto, “A case of severe soft tissue infection due to Streptococcus tigurinus diagnosed by necropsy in which genomic analysis was useful for clarifying its pathogenicity”, Pathology International, Volume 68, Issue 5, Pages 301-306, May 2018

（国際会議会議録掲載論文）

• Ying-Feng Hsu, Morito Matsuoka, Nicolas Jung, Yuki Matsumoto, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, “[Regular Paper] A High-Performance Sequence Analysis Engine for Shotgun Metagenomics through GPU Acceleration”, 2018 IEEE 18th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), October 2018