ノード内並列(共有メモリ並列)処理を行う方法は、「自動並列化」と「OpenMP」の2種類があります。

自動並列化とは

コンパイラがソースコードを解析し、自動的にプログラムの構造に適したノード内並列実行が可能なモジュールを作成します。コンパイルオプションを指定するのみで、簡単に並列化が可能です。

基本的な利用方法

基本的には、コンパイルを行うのみで利用することができます。

コンパイル方法

OCTOPUSでは intelコンパイラが利用可能です。
プログラミング言語ごとにコマンドが異なりますので、ご注意ください。

$ ifort -parallel [options] source_file （Fortranの場合）
$ icc -parallel [options] source_file （Cの場合）
$ icpc -parallel [options] source_file （C++の場合）

並列化レポートの出力をする場合は、「-qopt-report=[n] -qopt-report-pahse=par」オプションをつけてください。
[n]にはメッセージレベルを0～5で指定することが可能です。

実行スクリプト

実行時は OMP_NUM_THREADS という環境変数に、並列数を指定します。

下記はノード内24並列の計算を経過時間 1時間で実行する際のスクリプト例です。

#!/bin/bash

#PBS -q OCTOPUS

#PBS -l cpunum_job=24,elapstim_req=1:00:00

#PBS -v OMP_NUM_THREADS=24

cd $PBS_O_WORKDIR

./a.out

利用時の注意点

実行スクリプトにて、「OMP_NIM_THREADS」を忘れずに指定してください。
「OMP_NIM_THREADS」を指定しない場合、あるいは間違った値を指定してしまった場合、意図しない並列数での実行となり、他の利用者の計算に影響が出る可能性があります。
ご注意ください。

参考資料

インテルコンパイラー自動並列化ガイド

OpenMPとは

プログラムの中にコンパイラに対する指示行を挿入し、ノード内並列化（共有メモリ並列処理）を行う方法です。
CとFortranで記述方法がやや異なります。以下に簡単な利用方法を記載します。

基本的な利用方法

以下にFortranで書かれたOpenMPプログラムを載せています。
こちらを参考に説明します。

program sample

implicit none

include "omp_lib.h"

!$omp parallel

print *, "HELLO WORLD mythread = ",omp_get_thread_num(),"(",omp_get_num_threads(),"threads)"

!$omp end parallel

end

ハイライトしている行(3行目-6行目)の部分がOpenMPに関連する処理となります。
include "omp_lib.h"[3行目]、omp_get_thread_num()[5行目]、omp_get_num_threads()[5行目]は、OpenMP処理をPrint出力するために挿入した処理になりますので、入力しなくても、並列処理としての動きは変わりません。

3行目: include "omp_lib.h"
はOpenMPライブラリルーチン用のインクルードファイルの指定です。
後述のライブラリルーチンを使用するために必要です。

4行目: !$omp parallel
と
6行目: !$omp end parallel
は、OpenMPの指示行です。
parallel指示行はend parallel指示行まで、ブロックを並列化することを示しています。
今回の場合は5行目が並列処理されます。
並列数は環境変数OMP_NUM_THREADSで指定することになります。

5行目の omp_get_thread_num と omp_get_num_threads はOpenMPのライブラリルーチンとなります。
これらのルーチンを使用する場合は、2行目のインクルードファイルの指定が必要です。
omp_get_thread_num では、処理を分割している数(並列スレッド数)を取得します。
omp_get_num_threads では、分割された処理(並列スレッド)ごとにつけられた番号を取得します。番号は0から始まります。

上記のプログラムを、4並列で実行した結果は下記のようになります。

HELLO WORLD mythread= 3 ( 4 threads)
HELLO WORLD mythread= 1 ( 4 threads)
HELLO WORLD mythread= 0 ( 4 threads)
HELLO WORLD mythread= 2 ( 4 threads)

指示行について

自動並列化とは異なり、ユーザ自身が「指示行」を挿入し、並列化を指示する必要があります。
指示行は言語によって異なり、

!$omp 指示行名（Fortranの場合）
#pragma omp 指示行名（C/C++の場合）

という形式でプログラム中に埋め込みます。
指示行については、参考資料をご覧ください。

コンパイル方法

$ ifort -qopenmp [options] source_file
$ icc -qopenmp [options] source_file
$ icpc -qopenmp [options] source_file

並列化レポートの出力をする場合は、「-qopt-report=[n] -qopt-report-pahse=openmp」オプションをつけてください。
[n]にはメッセージレベルを0～2で指定することが可能です。