本ページではGAMESSをOCTOPUS上で実行する手順を解説します。
シングルノード版
事前準備
GAMESSのリンクを、Workディレクトリ直下に生成してください。
ln -s /octfs/apl/GAMESS/gamess /octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess
実行方法
OCTOPUS 1ノード24並列でGAMESSを実行する場合の例です。inputファイルとしてexam01.inpを指定しています。
特に何も指定しない場合は、スクラッチディレクトリとして/octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/scrが生成されます。
#!/bin/bash
#PBS -q OCTOPUS
#PBS -l elapstim_req=1:00:00
#PBS -T intmpi
cd $PBS_O_WORKDIR
/octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess/rungms exam01.inp 00 24
マルチノード版
事前準備
GAMESSのリンクを、Workディレクトリ直下に生成してください。
ln -s /octfs/apl/GAMESS/gamess-mpi /octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess
実行方法
OCTOPUS 2ノード48並列でGAMESSを実行する場合の例です。inputファイルとしてexam01.inpを指定しています。
特に何も指定しない場合は、スクラッチディレクトリとして/octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/scrが生成されます。
#!/bin/bash
#PBS -q OCTOPUS
#PBS -l elapstim_req=1:00:00
#PBS -T intmpi
#PBS -b 2
cd $PBS_O_WORKDIR
/octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess/rungms exam01 00 24