本ページではGAMESSをOCTOPUS上で実行する手順を解説します。
 

シングルノード版

    事前準備

    GAMESSのリンクを、Workディレクトリ直下に生成してください。

    ln -s /octfs/apl/GAMESS/gamess /octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess

     

    実行方法

    OCTOPUS 1ノード24並列でGAMESSを実行する場合の例です。inputファイルとしてexam01.inpを指定しています。
    特に何も指定しない場合は、スクラッチディレクトリとして/octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/scrが生成されます。

    #!/bin/bash
    #PBS -q OCTOPUS
    #PBS -l elapstim_req=1:00:00
    #PBS -T intmpi
    cd $PBS_O_WORKDIR
    /octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess/rungms exam01.inp 00 24

     

マルチノード版

    事前準備

    GAMESSのリンクを、Workディレクトリ直下に生成してください。

    ln -s /octfs/apl/GAMESS/gamess-mpi /octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess

     

    実行方法

    OCTOPUS 2ノード48並列でGAMESSを実行する場合の例です。inputファイルとしてexam01.inpを指定しています。
    特に何も指定しない場合は、スクラッチディレクトリとして/octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/scrが生成されます。

    #!/bin/bash
    #PBS -q OCTOPUS
    #PBS -l elapstim_req=1:00:00
    #PBS -T intmpi
    #PBS -b 2
    cd $PBS_O_WORKDIR
    /octfs/work/$(id -gn)/$(id -un)/gamess/rungms exam01 00 24