GROMACSは、分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージです。OCTOPUSでは、バッチリクエストによる GROMACS 2016.1 の利用が可能となっております。
GROMACSの利用は申請不要です。OCTOPUSの利用を申し込まれた方は、どなたでも利用可能です。
GROMACSは試験サービス中です。本ページに記載しているような「基本的な利用」についてのサポートは可能ですが、チューニング等の技術サポートはいたしかねますので、ご了承ください。
基本的な利用方法
GROMACSの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。
フロントエンドノードに接続し、計算に必要な入力ファイル、ジョブスクリプトを作成後、ジョブ投入して行います。
GROMACSを利用する際のジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
※GROMACSについてのマニュアルは公式HPをご参照ください。
ジョブスクリプトの作成
以下の例は48プロセス(2ノード使用、ノード当たり24プロセス)でGROMACSを実行する場合のジョブスクリプト例です。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではgromacs.shとしています。
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#!/bin/bash #PBS -q OCTOPUS #PBS -l cpunum_job=24,elapstim_req=1:00:00 #PBS -T intmpi #PBS -b 2 cd $PBS_O_WORKDIR source /octfs/apl/GROMACS/2016.1/bin/GMXRC.bash mpirun ${NQSII_MPIOPTS} -np 48 -ppn 24 gmx_mpi_d mdrun -ntomp 1 -s (入力ファイル) |
GROMACSのインストールディレクトリは下記になります。
/octfs/apl/GROMACS/2016.1/
GROMACSの各種入力ファイルについては公式HPをご覧くださいませ。
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
実行方法
作成したジョブスクリプトを投入します。
% qsub gromacs.sh
実行が成功すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。
GPU版GROMACSの利用方法
OCTOPUSでは、バッチリクエストによる GPU版GROMACS の利用も可能となっております。GROMACSのバージョンは2016.5、CUDAのバージョンは9.0となっております。
GPU版GROMACSを利用する際のジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
※GROMACSについてのマニュアルは公式HPをご参照ください。
ジョブスクリプトの作成
以下の例は48プロセス、GPU8枚(2ノード使用、ノード当たり24プロセス、GPU4枚)でGPU版GROMACSを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではgromacs.shとしています。
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#!/bin/bash #PBS -q OCTOPUS #PBS -l cpunum_job=24,elapstim_req=1:00:00,gpunum_job=4 #PBS -T intmpi #PBS -b 2 cd $PBS_O_WORKDIR source /octfs/apl/GROMACS/2016.5_GPU/bin/GMXRC.bash mpirun ${NQSII_MPIOPTS} -np 48 -ppn 24 gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -s (入力ファイル) |
(解説)
GPU版GROMACSのインストールディレクトリは下記になります。
/octfs/apl/GROMACS/2016.5_GPU/
GROMACSの各種入力ファイルについては公式HPをご覧くださいませ。
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
実行方法
作成したジョブスクリプトを投入します。
% qsub gromacs.sh
実行が成功すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。
