SQUIDでは、プログラミング言語R(4.0.3)をご利用いただけます。また、Anacondaをインストールしておりますので、利用者自身で任意のバージョンを用意することも可能です。Anacondaを用いた手順についてはこちらのページをご参照ください。
 

利用方法

環境設定

    environment modulesによる環境設定が必要です。

    $ module load BaseCPU/2021
    $ module load BaseR/2021

     
    また、ライブラリのインストール先として容量の大きいwork領域を指定します。
    以下ではwork領域配下にR_libというディレクトリを作成し、ライブラリのインストール先として指定しています。

    $ mkdir /sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/R_lib
    $ export R_LIBS=/sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/R_lib

 

パッケージインストール

    SQUIDのフロントエンドノードでは、任意のパッケージをインストールすることが可能です。
    計算ノードからは外部への接続を禁止しておりますので、計算に必要なパッケージは予めフロントエンドノードでインストールをお願いいたします。
     
    フロントエンドノードで、「data.table」パッケージをインストールする手順を以下に示します。

    Rのプロンプトを起動します。
    $ R
     
    data.tableパッケージをインストールします。
    > install.packages("data.table")
     

    インストール済パッケージを表示します
    $ library()
      パッケージ  （ライブラリ ‘/sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/R_libs’ 中):
    data.table              Extension of data.frame

     

SQUIDでのRスクリプト実行

    ご利用の際はバッチジョブで実行してください。Rを利用する場合のジョブスクリプト例は下記の通りです。Rスクリプトファイル(file.R)を入力ファイルとして与えています。

     

参考情報