SQUIDでは、プログラミング言語R(4.0.3)をご利用いただけます。また、Anacondaをインストールしておりますので、利用者自身で任意のバージョンを用意することも可能です。Anacondaを用いた手順についてはこちらのページをご参照ください。
利用方法
環境設定
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environment modulesによる環境設定が必要です。
$ module load BaseCPU/2021
$ module load BaseR/2021
また、ライブラリのインストール先として容量の大きいwork領域を指定します。
以下ではwork領域配下にR_libというディレクトリを作成し、ライブラリのインストール先として指定しています。
$ mkdir /sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/R_lib
$ export R_LIBS=/sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/R_lib
パッケージインストール
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SQUIDのフロントエンドノードでは、任意のパッケージをインストールすることが可能です。
計算ノードからは外部への接続を禁止しておりますので、計算に必要なパッケージは予めフロントエンドノードでインストールをお願いいたします。
フロントエンドノードで、「data.table」パッケージをインストールする手順を以下に示します。
Rのプロンプトを起動します。
$ R
data.tableパッケージをインストールします。
> install.packages("data.table")
インストール済パッケージを表示します
$ library()
パッケージ (ライブラリ ‘/sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/R_libs’ 中):
data.table Extension ofdata.frame
SQUIDでのRスクリプト実行
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ご利用の際はバッチジョブで実行してください。Rを利用する場合のジョブスクリプト例は下記の通りです。Rスクリプトファイル(file.R)を入力ファイルとして与えています。
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS -l elapstim_req=1:00:00 #PBS --group=【グループ名】 cd $PBS_O_WORKDIR Rscript file.R |