GENESIS (GENeralized-Ensemble SImulation System) は、生体分子システムの分子動力学シミュレーションを実行するためのアプリケーションです。OCTOPUSでは、バッチリクエストによる GENESIS 2.1.5 の利用が可能となっております。

基本的な利用方法

本項では、OCTOPUSを使ってGENESISを実行する方法を解説しています。より詳細な利用方法を知りたい方は、GENESIS公式WEBページを併せてご参照ください。
 
GENESISの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しています。フロントエンドノードに接続し、計算に必要な入力データ、ジョブスクリプトを作成後、バッチジョブとして投入してください。
入力データ、ジョブスクリプトは、ローカル端末で作成するか、フロントエンドノードに接続し、Vim, vi, emacsなどのテキストエディタで作成します。エディタの使い方についてはエディタ利用方法ページをご参照ください。
 

環境設定

モジュールファイルが利用可能です。
計算精度により読み込むモジュールファイルが異なります。BaseAppを読み込んだ後、いずれかの精度のGENESISモジュールを読み込んでご利用ください。

$ module load BaseApp

$ module load GENESIS/2.1.5.double # 倍精度
$ module load GENESIS/2.1.5.mixed # 混合精度
$ module load GENESIS/2.1.5.single # 単精度

 

ジョブスクリプトの作成

以下の例は16MPIプロセス×4スレッド並列の混合精度でGENESISを実行する場合のジョブスクリプト例です。ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではgenesis.shとしています。
genesis.sh

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#!/bin/bash #PBS -q OCT #PBS --group=【グループ名】 #PBS -l elapstim_req=01:00:00 #PBS -l cpunum_job=64 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=4 #PBS -T intmpi #PBS -b 1   module load BaseApp module load GENESIS/2.1.5.mixed   cd $PBS_O_WORKDIR mpirun ${NQSV_MPIOPTS} -np 16 spdyn p16.inp > p16.out

ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。

 

ジョブスクリプトの投入

入力ファイルとジョブスクリプトが完成したら、ジョブを投入します。

$ qsub genesis.sh

実行が成功すると、結果ファイルに計算結果が保存されます。

 

参考情報

GENESIS 公式WEBページ