この度、SQUIDでご提供している一部のGPU向けアプリケーションについて、性能向上を目的としてバージョンアップとビルド設定の再検討・最適化を実施しました。
特にGROMACSは、長距離相互作用計算に用いられる高速フーリエ変換にGPUを活用することにより、実行性能が大幅に向上しています。STMV (Satellite Tobacco Mosaic Virus) のベンチマーク計算では、以下のグラフに示す通り、従来ご提供していたモジュールに比べ2.3倍〜2.9倍の高速化が実現しました。
なお、実行手順も一部変更されていますので、GROMACSの利用方法のページをご覧ください。

 

最新版の各GPUアプリケーションを利用するには、BaseAppモジュールをロードした後、以下のモジュールをロードしてください。

GROMACS
- gromacs/2025.4mpi.GPU (マルチノード用)
- gromacs/2025.4.GPU (シングルノード用)

LAMMPS
- lammps/22Jul2025_update2.GPU

Quantum ESPRESSO
- QuantumESPRESSO/7.4.GPU