Users's Reference に記載されてるコマンドは存在しますので可能です。
Utility Programs　http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm
利用する場合は、バッチリクエスト用シェルスクリプト内に、Referenceに記載の方法で記述しバッチリクエストを投入してください。

例）カレントフォルダにあるwater.chkをwater.fchkに変換している（PCクラスタ）
　　以下の一行をバッチリクエスト用のシェルスクリプト内に記述。
　${g09root}/g09/formchk water.chk water.fchk

マニュアル等を参考にお試しいただければと思います。