高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第1回/全4回)
概要
LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
参加申し込みはこちらからお願いいたします。
| 日 程 : | 第1回：2016年4月14日 第2回：2016年6月1日 第3回：7月開催予定 第4回：8月開催予定 |
| 場 所 : | グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA |
| 定 員 : | １５名程度 （下記(1)と(2)のバランスを考慮する。） |
| 参加資格 : | (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生
(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者 |
| 主 催 : | 大阪大学サイバーメディアセンター jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」 |
| 協 力 : | （一財）高度情報科学技術研究機構 |
内容
| 第1回 4月14日(木) | |
| 10:00～12:00 | 事前準備（予習的な利用） ・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール（コンパイル）する。 ・可視化ソフトのVMDもインストールする。 |
| 13:00～14:00 | 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介 （短い１本鎖の例とした、ハンズオンセミナー） |
| 14:15～15:15 | 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算 （初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等） |
| 15:30～16:00 | 多数本の高分子のシミュレーション（replicateとdeform） |
| 16:15～17:15 | Winmostarを利用した全原子模型のMD計算（ガラス転移温度の評価） |
| 17:15～17:30 | 宿題と割り当て |
| 第2回 6月1日(水) | |
| 10:00～12:00 | 宿題の実施内容の発表（＋ディスカッション） |
| 13:00～13:30 | LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門 （バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど） |
| 13:30～14:15 | VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算（実習付） |
| 14:30～15:15 | AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化 |
| 15:30～16:15 | VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化 |
| 16:15～17:15 | うめきたのVR可視化装置の利用 |
| 第3回 7月開催予定 | |
| 10:30～11:15 | LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針 |
| 11:15～12:00 | 上記の実習 |
| 13:00～14:00 | プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務（座学） |
| 14:15～15:45 | 実習 |
| 16:00～17:00 | 各システムでの評価検討の宿題と割り当て |
| 第4回 8月開催予定 | |
| 10:30～12:00 | 各システムでの評価検討の相互レビュー |
| 13:00～ | 大規模並列分散データ解析などの講演や実習 |
開催日 ：4月14日(木) 10:00 - 17:30
講師 ：大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
開催場所：グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
▼グランフロント大阪のアクセスについてはこちらをご覧ください。
タワーＣ９階については、こちらをご覧ください。
種類 ：座学, 実習
定員 ：20名
申込締切：-
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