オープンソース（ライセンス許可制）の汎用古典分子動力学アプリケーションソフトウェアです。長距離静電相互作用の高速多重極展開法(FMM)による取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法に対応しています。高効率な並列計算が可能です。公式サイトはこちらをご参照ください。
 
MODYLASの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。ジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
 

ジョブスクリプトの作成

以下の例は8MPIプロセス x 24スレッド(8ノード使用)でMODYLASを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではmodylas.shとしています。

ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
 

実行方法

作成したジョブスクリプトを投入します。

% qsub modylas.sh

投入したジョブの状況確認方法はこちら。
実行が終了すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。