オープンソースの第一原理計算アプリケーションソフトウェアです。原子局在基底と擬ポテンシャルを用いて、結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して電子状態計算を行います。公式サイトはこちらをご参照ください。
OpenMXの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。ジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
ジョブスクリプトの作成
以下の例は2MPIプロセス x 76スレッド(2ノード使用)でOpenMXを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではopenmx.shとしています。
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS -l cpunum_job=76 #PBS --group=【グループ名】 #PBS -l elapstim_req=01:00:00 #PBS -T intmpi #PBS -b 2 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=76 module load BaseCPU module load BaseApp module load OpenMX/3.9 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun ${NQSV_MPIOPTS} -np 2 openmx Methane.dat -nt 76 |
OpenMXのインストール先は以下になります。ジョブスクリプトではmodule loadコマンドにてPATHを設定しています。
/system/apps/rhel8/cpu/OpenMX/intel2020u4/3.9/openmx3.9/work/openmx
VPSとPAO(擬ポテンシャルと基底)のインストール先は以下になります。
/system/apps/rhel8/cpu/OpenMX/intel2020u4/3.9/openmx3.9/work/DFT_DATA19
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
実行方法
作成したジョブスクリプトを投入します。
% qsub openmx.sh
投入したジョブの状況確認方法はこちらです。
実行が終了すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。
