特定のサブルーチンに対してVH CALLを使用することで、VHでの計算が可能です。詳細な手順は以下のAurora Forumに掲載しておりますので、ご一読ください。
libvhcall-fortran
動作確認を実施いただくための簡易プログラムを以下に用意しております。
VH CALL動作確認用プログラム
コンパイル方法
module load BaseVEC/2024
sh comp.sh投入方法(投入前にrun.shを編集しgroupの指定を変更してください)
qsub run.sh
本エラーは、書式なしの入出力文の並びに配列が指定されており、その配列サイズが大きい場合に発生するエラーです。
以下のコンパイラオプション、実行時環境変数を指定して実行いただくことで特定可能です。
★のように、エラーの出たファイルと行数が表示されます。
例)
$ nfort main.f90 -g -traceback=verbose
$ export VE_TRACEBACK=VERBOSE
$ ./a.out
Runtime Error: Cannot allocate memory for environment variable VE_FORT_UFMTENDIAN.
Program terminated by fatal error
[ 0] 0x600c00a58910 ? ?:?
[ 1] 0x600c00a51b38 ? ?:?
[ 2] 0x600c00cd4c78 ? ?:?
[ 3] 0x60000001f850 MAIN main.f90:28 ★
[ 4] 0x60000001fc80 ? ?:?
[ 5] 0x600c02a407a8 ? ?:?
[ 6] 0x600000002d00 ? ?:?
ベクトルノード群の場合、実行時に以下の環境変数を指定いただくことでNaNを含む無効演算例外を検知することが可能です。
(NaNを演算に使用されるとエラーとなります。)
export VE_FPE_ENABLE=INV
詳細は、以下のマニュアル 6ページ「1.9 演算例外」の項目をご参照ください。
SX-Aurora TSUBASA Fortran コンパイラ ユーザーズガイド
また、エラーを検知した該当箇所を確認する場合は以下も合わせてご指定ください。
コンパイラオプション:-traceback=verbose -g
実行時環境変数:export VE_TRACEBACK=VERBOSE
詳細は上記マニュアルの24ページに記載しております。
qstatコマンドを実行すると、SX-Aurora TSUBASA(ベクトルエンジン)が接続されているLinux(ベクトルホスト)のCPU時間や使用メモリが表示されます。SX-Aurora TSUBASA(ベクトルエンジン)の情報を確認する場合は以下のオプションを指定してください。
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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 |
$ qstat -J -e #実行結果例 JNO RequestID EJID VEMemory VECPU JSVNO VectorIsland UserName Exit ---- --------------- ----- -------- -------- ----- --------------- -------- ---- 0 1000.sqd 896040 10.38G 147578.00 4100 vec0100 user01 - 0 1001.sqd 129054 20.45G 15251.00 4101 vec0101 user01 - 0 1002.sqd 2138470 21.35G 5668.00 4102 vec0102 user01 - 1 1002.sqd 2138455 21.35G 6503.00 4102 vec0102 user01 - 0 1003.sqd 1813977 21.54G 33667.00 4103 vec0103 user01 - 1 1003.sqd 1814130 21.54G 32972.00 4103 vec0103 user01 - |
1行に出力される情報は、投入するジョブクラスによって異なります。
DBGやSQUID-Sに投入した場合：ベクトルエンジン1台分の使用メモリ量、CPU時間を表示します
SQUIDやSQUID-Hに投入した場合：ベクトルエンジン8台分の使用メモリ量、CPU時間を表示します
SX-ACEでは標準で出力されていましたが、SX-Aurora TSUBASAではコンパイル時および実行時にオプションを設定する必要があります。
コンパイラオプションでproginfオプションを指定してください。
nfort -proginf test.f90
また、ジョブスクリプトで以下を指定してください。
export VE_PROGINF=YES
または
export VE_PROGINF=DETAIL
SQUID ベクトルノードで実行するNEC MPIにおいて標準出力をリダイレクトする場合は、「/opt/nec/ve/bin/mpisep.sh」スクリプトをご利用ください。
MPIを実行する際、ジョブスクリプトに
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#PBS -v MPISEPSELECT=3 mpirun -np 160 /opt/nec/ve/bin/mpisep.sh ./a.out |
と指定していただくと、標準出力はstdout.0:(MPIプロセスID)、標準エラー出力はstderr.0:(MPIプロセスID)へリアルタイムで出力されます。
これらの詳しい解説は、下記「NEC MPIユーザズガイド」の3.3 MPI プロセスの標準出力 および 標準エラー出力 に記載されております。
NEC MPIユーザズガイド
上記のスクリプトをそのまま使用した場合、stdout/stderrというファイル名になってしまいますが、ご自身でmpisep.shを修正いただくと、任意の名前に変更することも可能です。
基本的に、再コンパイルが必要となります。移行手順は以下をご参照ください。
SX-ACEからSX-Aurora TSUBASAへの移行の流れ
