Gaussianは、非経験的分子軌道計算プログラムとして広く使用されている ソフトウェアです。大規模計算機システムでは、バッチリクエストによる Gaussian16.C.01 の利用が可能となっております。
なお、Gaussianの利用は年度単位の申請制としております。利用を希望される方は以下のページをご覧ください。

Gaussian16 申請について
 

基本的な利用方法

    本項では、SQUIDを使ってGaussianを実行する方法を解説しています。より詳細な利用方法を知りたい方は、Gaussian公式WEBページや公式WEBページ内のUser Referenceを併せてご参照ください。
     
    Gaussianの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しています。フロントエンドノードに接続し、計算に必要な入力データ、ジョブスクリプトを作成後、バッチジョブとして投入してください。
    入力データ、ジョブスクリプトは、ローカル端末で作成するか、フロントエンドノードに接続し、vi, emacsなどのテキストエディタで作成します。エディタの使い方についてはエディタ利用方法ページをご参照ください。
     

    入力ファイルの作成

      はじめに、入力ファイルを作成します。エディタを用いて、以下の例(水のシングルポイントエネルギー計算)を記入し、適当な名前で保存します。
      ここでは、“single_point_energy_calc_on_water”という名前で保存しています。

      1行目　Link0コマンド行 スクラッチファイルの位置と名前(終端に空行を入れません)
      この例では、チェックポイントファイルの場所と名前を指定します。
      2行目 この例では改行が入っていますが、実際は必要ありません
      3行目　ルートセクション(# 行) 行いたい計算のタイプ，モデル化学やその他オプションを指定(空行で終わりを示す)
      5行目　タイトルセクション 計算の簡単な説明(空行で終わりを示す)
      7行目　分子指定 検討する分子系の指定(空行で終わりを示す)
      この例では、0 電荷(中性分子)，スピン多重度 1 (一重項)
      8行目-10行目 分子中の各原子の位置を指定
      11行目-12行目 ファイルの終わりには必ず改行を入れてください。（改行が無い場合、エラーになります）

      入力ファイルについての詳しい説明は、公式WEBページ User ReferenceのAbout Gaussian 16 Inputをご参照ください

       

    ジョブスクリプトの作成

      次に、ジョブスクリプトを作成します。こちらも、エディタを用いて、“sqd_water.sh”として保存します。

      2行目 実行キューを指定
      3行目 グループを指定(ご不明な場合はgroupsコマンドを実行してください。"ocean"や"hpci"の隣に表示されるものがグループ名です。)
      5行目
      ～8行目             		Gaussianの起動に必要な環境変数を設定しています。
      module load Gaussianの環境変数を設置するためのenvironmental modulesを起動しています
      newgrp gaussian Gaussianディレクトリにアクセスするためのグループ設定です
      export GAUSS_SCRDIR=/sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/ Gaussianのスクラッチディレクトリの指定です
      9行目 ジョブ投入時のカレントディレクトリに移動しています。
      PBS_O_WORKDIR NQSII用の環境変数で、qsubコマンドを実行した時のカレントディレクトリが設定されます。
      10行目 Gaussian起動コマンド
      作成しておいた入力ファイルをリダイレクト(<)で入力し、結果を“result”へリダイレクト(>)しています
      （標準出力/標準エラー出力ファイルは制限していますので、リダイレクト（>）を使いファイルに出力することをお勧めします。）
      11行目 必ず空行を挿入してください。

      ※ジョブスクリプトの内容についての詳しい説明はジョブスクリプトの書き方ページをご参照ください。ここでは、Gaussian利用で必要な項目について説明します。
       

    ジョブスクリプトの投入

      入力ファイルとジョブスクリプトが完成したら、ジョブを投入します。

      % qsub sqd_water.sh (enter)

      実行が成功すると、結果ファイル“result”に計算結果が保存されます。

       

    参考情報