miniforgeのインストール方法

    miniforgeをSQUIDのwork領域にインストールする方法を解説します。
     
    1. SQUIDにログインし、以下の手順を実施してください。ここではminiforgeのインストール先のディレクトリを /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/miniforgeとしています。適宜ご自身のディレクトリ名に置き換えてください。

     

    2. miniforgeの利用に必要な環境変数などを設定します。次回以降の設定は不要です。

    ※conda initを実施することで~/.bashrcが更新されますが、すでにconda系のソフトウェアをインストール済の場合、~/.bashrcが正しく更新されない場合があります。その場合、.bashrcを編集し、「# >>> conda initialize >>>」から「# <<< conda initialize <<<」までの行を削除し、あらためてconda initを実施してください。
    ※default channelは利用できませんので、もしchannel登録されている場合は conda config --remove channels defaults を実施して削除してください。

 

miniforgeの利用方法

    仮想環境の一覧表示

      すでに構築済の仮想環境一覧を表示します。

      conda info -e

      # conda environments:
      #
      base /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/miniforge

       

    仮想環境の新規作成

      新規に、test-envという仮想環境をユーザ領域に作成する際の手順を示します。

      まず、仮想環境の生成先として、work領域配下のconda_envディレクトリを指定します。（特に何も指定しなかった場合、home領域配下の.condaディレクトリで仮想環境が生成され、容量オーバーとなる可能性があります）

      conda config --add envs_dirs /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_env
      conda config --add pkgs_dirs /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_pkg

      仮想環境test-envを生成します。

      conda create --name test-env python=3.8

      仮想環境一覧を表示すると、test-envが生成されていることがわかります。

      conda info -e
      # conda environments:
      #
      test-env * /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_env/test-env
      base /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/miniforge

       

    仮想環境の有効化

      仮想環境test-envを有効にします。

      conda activate test-env

       

    仮想環境上でのソフトウェアインストール

      仮想環境test-envにPythonのライブラリnumpyをインストールします。
      計算ノード上から外部への通信はできませんので、必ずログインノードで実施してください。

      conda install numpy

       

    仮想環境の無効化

      仮想環境test-envを無効にします。

      conda deactivate

       

    例：miniforgeでPytorchを利用する方法

      仮想環境 pytorch-envを作成し有効化します。

      conda create --name pytorch-env python=3.12
      conda activate pytorch-env

      Pytorchの公式ページを参考に、Conda PackageかつCUDA11系に対応したPytorchをインストールします。

      2024年8月時点では以下のようになります。

      conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia

    SQUID計算ノードでの利用方法

      仮想環境「test-env」を有効化しtest.pyをSQUID GPUノード1ノードで実行する場合、以下のようなジョブスクリプトを作成してください。

      2ノードで実行する場合は、以下のようなジョブスクリプトを作成してください