Cybermedia Center, Osaka University » NTChem利用方法(SQUID)

Gauss型基底に基づいた量子化学計算アプリケーションソフトウェアです。多くのユーザーに使っていただけるよう、様々な量子化学計算手法や機能が利用できます。大規模な分子に対して高効率な並列計算が可能です。公式サイトはこちらをご参照ください。

NTChemの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。ジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。

ジョブスクリプトの作成

以下の例は16MPIプロセス x 1スレッド(1ノード使用)でNTChemを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではjob.shとしています。付随するスクリプトとしてC2H5NO.sh、ntchem.shもあわせて用意してください。
本プログラムに必要となるInputファイルは、/system/apps/rhel8/cpu/NTChem/intel2020u4/12.0/examples/dlfind/dimer2/配下に置いています。C2H5NO.shと同名のファイルもございますが、以下のように修正いただく必要がありますのでご注意ください。その他のExampleについては/system/apps/rhel8/cpu/NTChem/intel2020u4/12.0/examples/をご参照ください。

#!/bin/bash

#PBS -q SQUID

#PBS -l cpunum_job=76

#PBS -group=<グループ名>

#PBS -l elapstim_req=01:00:00

#PBS -T intmpi

#PBS -b 1

#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1

module load BaseApp

module load NTChem/12.0

cd ${PBS_O_WORKDIR}

./C2H5NO.sh

#!/bin/bash

export mol=C2H5NO

export curdir=`pwd`

export wrkdir=$curdir/ntchem

mkdir -p $curdir/ntchem

export nprocs=16

export mpirun="mpirun ${NQSV_MPIOPTS} -np $nprocs "

export sub=_mpi

export ntchem=$curdir/ntchem.sh

rm -f $wrkdir/$mol.* $wrkdir/INPUT

cd $wrkdir

cp -pr $curdir/${mol}.inp $wrkdir/INPUT

mpirun basinp${sub}.exe > $curdir/${mol}.log 2>&1

dlfind.exe < $curdir/${mol}.inp > $curdir/${mol}.out 2>&1

mv Coords.xyz $curdir/${mol}.xyz

cd $curdir

$mpirun mdint1${sub}.exe >> $curdir/$mol.log 2>&1

$mpirun scf${sub}.exe >> $curdir/$mol.log 2>&1

$mpirun scfgrad${sub}.exe >> $curdir/$mol.log 2>&1

ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。

実行方法

作成したジョブスクリプトを投入します。

% qsub job.sh

投入したジョブの状況確認方法はこちら。
実行が終了すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。