オープンソースの光と物質の相互作用をターゲットにした第一原理計算アプリケーションソフトウェアです。時間依存密度汎関数理論に基づく実時間・実空間グリッド法を用いた光励起電子ダイナミクスや光伝搬のシミュレーションが可能です。公式サイトはこちらをご参照ください。
SALMONの実行は、バッチリクエストによる処理のみ許可しております。ジョブスクリプト例と、ジョブ実行方法について以下で解説いたします。
ジョブスクリプトの作成
以下の例は4MPIプロセス x 2スレッド(1ノード使用)でSALMONを実行する場合のジョブスクリプトです。
ファイル名に特に指定はありませんが、本項ではjob.shとしています。
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS -l cpunum_job=76 #PBS --group=<グループ名> #PBS -l elapstim_req=01:00:00 #PBS -b 1 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=2 module load BaseApp module load salmon/2.0.1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun ${NQSV_MPIOPTS} -np 4 salmon < C2H2_gs.inp |
ジョブスクリプトのその他の行についてはこちらをご参照ください。
実行方法
作成したジョブスクリプトを投入します。
% qsub job.sh
投入したジョブの状況確認方法はこちら。
実行が終了すると、結果ファイルに計算結果が出力されます。