2016.04.14
概要
LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
参加申し込みはこちらからお願いいたします。
| 日 程 : |
第1回：2016年4月14日
第2回：2016年6月1日
第3回：7月開催予定
第4回：8月開催予定 |
| 場 所 : |
グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA |
| 定 員 : |
１５名程度 （下記(1)と(2)のバランスを考慮する。） |
| 参加資格 : |
(1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生
相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます
(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者 |
| 主 催 : |
大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」 |
| 協 力 : |
（一財）高度情報科学技術研究機構 |
内容
| 第1回 4月14日(木) |
| 10:00～12:00 |
事前準備（予習的な利用）
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール（コンパイル）する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。 |
| 13:00～14:00 |
高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
（短い１本鎖の例とした、ハンズオンセミナー） |
| 14:15～15:15 |
1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
（初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等） |
| 15:30～16:00 |
多数本の高分子のシミュレーション（replicateとdeform） |
| 16:15～17:15 |
Winmostarを利用した全原子模型のMD計算（ガラス転移温度の評価） |
| 17:15～17:30 |
宿題と割り当て |
| 第2回 6月1日(水) |
| 10:00～12:00 |
宿題の実施内容の発表（＋ディスカッション） |
| 13:00～13:30 |
LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
（バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど） |
| 13:30～14:15 |
VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算（実習付） |
| 14:30～15:15 |
AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化 |
| 15:30～16:15 |
VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化 |
| 16:15～17:15 |
うめきたのVR可視化装置の利用 |
| 第3回 7月開催予定 |
| 10:30～11:15 |
LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針 |
| 11:15～12:00 |
上記の実習 |
| 13:00～14:00 |
プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務（座学） |
| 14:15～15:45 |
実習 |
| 16:00～17:00 |
各システムでの評価検討の宿題と割り当て |
| 第4回 8月開催予定 |
| 10:30～12:00 |
各システムでの評価検討の相互レビュー |
| 13:00～ |
大規模並列分散データ解析などの講演や実習 |
2015.04.30
概要
IDLは、豊富な解析機能と多彩なグラフィックス表示機能、またアプリケーション開発機能も備えた、
データ解析・可視化のための統合ツールです。
天文・物理・核融合・気象・医療・各種実験・計測処理など研究分野を問わず利用が可能で、
配列指向型言語なので膨大で複雑なデータ処理にも最適です。
プログラム
・IDLとは？
－Exelis VISの簡単なご紹介とIDLの概要説明
・IDLの機能紹介（データ解析機能、可視化機能、GUI作成など）
－デモンストレーション含めたご紹介
・利用分野、事例紹介
－IDLがどのような分野でどのように使われているか、事例も交え紹介
・サイバーメディアセンターの設備や施設案内など
開催場所について
本講習会はグランフロント大阪 タワーＣ ９階（ナレッジオフィス VisLab Osaka）で開催いたします。
グランフロント大阪のアクセスについては、こちらをご覧ください。
タワーＣ９階については、こちらをご覧ください。
参考情報
Exelis VIS(株) IDLについて
2015.04.02
概要
並列プログラミング言語XcalableMP（XMP）は、CもしくはFortranで書かれた
逐次プログラムにOpenMPのような指示文を加えることにより，逐次プログラムを
分散メモリシステム用に並列化できる言語です。
また、指示文以外にも、片側通信を簡易に表現できる記法を提供しています。
本セミナーでは、XMPの講習およびXMPを使った並列プログラム作成と実行を
SX-ACE上で行うことで、XMPによる並列プログラム開発を体験していただきます。
内容
・XMPの概要
・実習1：指示文を用いたステンシル計算の並列化
・実習2：片側通信機能を用いた行列積の並列化
対象者
・分散メモリシステムへプログラムの移行を検討されている方
・並列プログラム開発の生産性向上に関心のある方
・並列プログラミング言語に関心のある方
・ただし、下記の事前知識が必要です
・FortranもしくはC言語について、プログラミング経験を有すること
・UNIX環境の利用経験があること
受講にあたってのご注意
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを
必ずお持ちください。また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を
使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
講義資料
XMP講義資料(XcalableMP公式ページへのリンク)
2015.02.02
概要
当センターでは3月23日(月)に、東北大学サイバーサイエンスセンターで開催いたします
講習会「新スーパーコンピュータSX-ACEにおける高速化技法の基礎」の映像配信を実施いたします。
また、同日14:00からは会場にて、大阪大学 教職員・NEC技術者による
利用者持ち込みプログラムの高速化ハンズオンセミナーを開催いたします。
プログラム
10:00−12:00 高速化技法の基礎1（東北大学からの映像配信・実習）
12:00-13:00 昼休み
13:00-14:00 高速化技法の基礎2（東北大学からの映像配信・実習）
14:00-17:00 ハンズオンセミナー（大阪大学 教職員・NEC技術者が現地で対応）
ハンズオンセミナー
同じSX-ACEを有する東北大学サイバーサイエンスセンターと連携して
SX-9からSX-ACEへの速やかな移行とSX-ACEの高効率利用を目的とした
プログラムの高速化ハンズオンセミナーを開催します。
本セミナーでは、事前にユーザの皆様にプログラムをご提出いただき、
両センターの教職員・NECの技術者らがSX-ACEにおける高速化・並列化のポイントをアドバイスします。
ハンズオンセミナーに参加を希望される方は3月5日まで持ち込みプログラムの事前提出が必要です。
詳しくは、申込後こちらから個別にご連絡いたします。
参加者数には限りがございますので，お早めにお申し込みください。
ハンズオンセミナーのみの参加はできませんのでご注意ください。
受講に当たってのご注意
講習会では実習を行いますので、無線ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
開催場所について
本講習会はグランフロント大阪 タワーＣ ９階（ナレッジオフィス VisLab Osaka）で開催いたします。
グランフロント大阪のアクセスについては、こちらをご覧ください。
タワーＣ９階については、こちらをご覧ください。
配布資料
新スーパーコンピュータにおける 高速化技法の基礎(pdf)
関連情報
東北大学 サイバーサイエンスセンター 大規模科学計算システム
東北大学 サイバーサイエンスセンター 講習会ページ
