当該エラーメッセージは、qsub/qstatコマンドのライセンス数制限を超過していることを示しています。
ライセンス数は十分な数を用意しておりますが、コマンドの実行が集中した場合に、一時的に不足する可能性があります。
当該エラーメッセージを確認された場合は、以下からご連絡くださいませ。
お問い合わせフォーム
ジョブの投入時間と経過時間の指定により、実行されるタイミングがやや異なりますが、基本的には正しく実行されます。
※共有利用の場合は、他の利用者の投入状況によって実行されない場合がございます。
詳細は下記をご覧ください。
投入したジョブの実行終了予定時刻が、メンテナンス開始時刻を超えていた場合、メンテナンス終了後まで実行されません。
実行終了予定時刻は、「投入時間」とジョブスクリプトに記載した「経過時間の指定(elapstime_req)」から算出します。
例えば、ジョブスクリプトに「elapstime_req=5:00:00」と記載したジョブを、13:00に投入した場合、
実行終了予定時刻は18:00となります。
※共有利用の場合は、上記に関わらず、他の利用者の投入状況によって実行されない場合がございます。
※年度末メンテナンスの場合、メンテナンス終了時点で全てのジョブを削除します。
正常に実行されます。(メンテナンスの終了を待たずに実行可能です)
前述の通り、メンテナンス終了後まで実行されません。
投入されたジョブはQUE状態のまま受け付けられ、メンテナンス終了後に実行されます。
年度末メンテナンスの場合、全てのジョブが削除されますのでご注意ください。
「経過時間の指定(elapstime_req)」を調整し、
実行終了予定時刻がメンテナンス時刻を超えないようにして、再投入することで、実行できる可能性があります。
もしお急ぎの場合は、お試しください。
占有利用等で、長時間のジョブを実行されている方が対象となります。
メンテナンス開始までは正常に実行されます。
メンテナンス中は、計算を実行できませんので、停止をお願いすることがございますが、ご了承ください。
該当している場合、こちらからご連絡いたします。
メンテナンス終了後まで実行されません
投入されたジョブはQUE状態のまま受け付けられ、メンテナンス終了後に実行されます。
正常に実行されます。
ELN情報には、サブルーチン内の問題箇所の行番号が出力されます。
プリプロセッサを動作させている場合は、中間ファイルの行番号がELNとして出力されますのでご注意下さい。
-adv
演算プロセッサ(AP)における先行制御の状態を変更することを指定する。
すなわち、先行制御機能をプログラム単位の入口で設定し、出口で回復することを指定する。-adv on プログラム単位の入口で動作状態にし、出口で回復することを指定する。
-adv off プログラム単位の入口で停止状態にし、出口で回復することを指定する。
例えば、ある手続きに対してハードウェアの先行制御を抑止したい場合は
-adv off を指定してください。
ただし、本オプションを指定した場合、著しくプログラムの実行性能が
低下します（実行時間が10倍あるいはそれ以上にもなることがあります）。
このため、ご使用される場合は、むやみに指定するのではなく、先行制御を
抑止して実行する区間が可能な限り短くなるようにしてください。
また、コンパイラの行う最適化によって発生しないはずの例外が発生したり、
あるいは発生する例外の位置や回数が変わったりもしますので、この点にも
ご注意ください。「FORTRAN90/SX プログラミングの手引」
「4.4 最適化機能を使用する場合の注意」を参照ください。
閲覧には利用者番号での認証が必要となりますので、ご注意ください。
FORTRAN90/SX プログラミングの手引
こちらの「付録D 実行時のメッセージ」「D.1.1 エラーメッセージの形式」という個所をご確認ください。
「.cshrc」ファイルで、他のシェルを起動していないかご確認ください。
sftp-serverはcshから起動を行いますので、他のシェルを起動しているとsftp-serverが起動できずtimeoutとなります。「.cshrc」ファイルから、他シェル起動の処理を削除の上、再度お試しください。
解決しない場合は、お手数かと思いますが、下記よりご連絡ください。
お問い合わせフォーム
各コンパイラのマニュアルをご参照ください。
マニュアルは下記に置いております。閲覧いただく場合、利用者番号での認証が必要となります。
(質問の補足)
(回答)
データ書き込みは、下記のような仕組みで行っています。
それぞれバッファやキャッシュに溜め込む形で、書き出し処理を行っているため、フロントエンドでファイルが確認できるまで時間を要します。
プログラムからの print 実行時、F_SETBUF の設定により、ファイルへのwrite 発行契機が変わります。
write が発行されると、データキャッシュに writeデータを書き込みます。データキャッシュ内のデータは、下記を契機に IOサーバへデータを送信します。
「1. FORTRAN側の動作」による影響は小さいと予想されるため、時間がかかる原因としては主に「2. ファイルシステム側の動作」のデータキャッシュサイズによるものです。
リアルタイムに近い出力を希望される場合、FORTRANプログラム内にて、print実行後に、call flush(6) を実行し、標準出力への内容をフラッシュしていただく必要があります。
これにより、flush実行毎にリダイレクト先ファイルへ反映されます。
※当センターのファイルシステムは、ScateFS(Scalable Technology File System)という独自のファイルシステムを搭載しております。「2.ファイルシステム側の動作」の挙動はScateFSの仕様によるものです。
※sxf03コンパイラは対応していません。
接続方法はこちらをご覧ください。
ログイン方法
HPCIやJHPCN-HPCIシステムで利用する場合は、こちらをご覧ください。
ログイン方法(HPCI利用者向け)
当センターで提供しております大規模計算機システムの利用資格、利用規定を下記に掲載しております。ご覧くださいませ。
環境変数やオプションはsetenvも設定できますが、マルチノードでジョブを実行した場合は、
スレーブノードにsetenvで指定した環境変数が設定されません。
マルチノードでジョブを実行する場合は、NQSIIの-vオプションをご利用ください。
#PBS -v [環境変数orオプション]=[設定内容]
のように指定します。
過去に、(株)日本電気と本センターが協力してチューニングした事例をご紹介いたします。
なお、利用者番号での認証が必要となっておりますので、ご了承ください。
いくつかの原因が考えられますので、まずエラーメッセージをご確認ください。
下記のようなエラーメッセージが表示されます(あくまで一例です)
サーバはこのマシンに転送を試みました。
localhost上のXサーバへの接続を要求しました（ディスプレイ0:0）。
接続は拒否されました（おそらくサービス停止中です）。
転送接続を終了します。
フロントエンドでAVS/Expressをご利用いただく場合、Xサーバ環境を必須となります。
まず下記をご参照いただき、Xサーバ環境の設定をご確認ください。
可視化ソフトウェア AVS/Express Xサーバ環境のアプリケーションを利用する方法
下記のようなエラーメッセージが表示されます。
…
Could not get license from server: license limit exceeded
Found and opened license file: /sc/cmc/apl/AVS/v8.2/express82/license.dat
Product name does not match: LICSERV != EXPRESS
Use-limited licenses must be obtained from a license server
Failed to find a valid license.
…
AVS/Expressは同時利用いただけるライセンス数には限りがございます。
他の人が利用している間は、利用できません。
しばらくしてからもう一度お試しください。
解決しない場合、system{a}cmc.osaka-u.ac.jpまでご連絡ください。
システムに問題がある可能性があります。
system{a}cmc.osaka-u.ac.jpまでご連絡ください。
基本的に、再コンパイルが必要となります。移行手順は以下をご参照ください。
SX-ACEからSX-Aurora TSUBASAへの移行の流れ
以下のコマンドを実行することで、
ジョブの予約状況を確認することが可能です。
sstat
実行開始時刻が決定していると、
STT(スケジューリング状態)がASG(Assigned)となり、PlannedStartTime（実行開始予定時間）に開始時刻が表示されます。詳細は下記をご覧ください。
基本的にはインストールマシン全ての情報を送付いただく必要があります。
ただ、1台につき1枚の申請書というわけでは無いので、まとめて記載し提出いただいても結構です。
スクリプトファイルにおける、制御コードに問題がある可能性があります。
当センターのシステムでは、文字コードはUTF-8となっておりますので、パソコンからファイル転送する際は、アスキーコードで送付するか、nkf コマンドで文字コード・改行コードを変換する必要があります。
ジョブは各利用者様の優先度に応じて、スケジューリングされますので、場合によっては待ち時間が発生することがあります。
以下のコマンドを実行することで、ジョブの予約状況を確認することが可能です。
sstat
実行開始時刻が決定していると、
STT(スケジューリング状態)がASG(Assigned)となり、PlannedStartTime（実行開始予定時間）に開始時刻が表示されます。詳細は下記をご覧ください。
あまりに長時間の待ちが発生する場合は、何らかの制限に抵触しているか、もしくはシステムに問題がある可能性があります。以下までご連絡ください。
system{at}hpc.cmc.osaka-u.ac.jp
「qwait」コマンドを使用することで、実現可能です。
このコマンドは引数で与えたリクエストID(例：12345.cmc)を待ち合わせするというものです。
指定のリクエストIDのジョブが終了するとメッセージ終了と共にコマンドが終了します。
コマンドの詳細についてはポータルで公開されておりますマニュアル
「NQS利用の手引」のリファレンス編 第1章 ユーザコマンドをご参照頂けますようお願い致します。
NQSII利用の手引き(要認証)
NQSV利用の手引き
※ man qwait でもヘルプを参照できます。
qwait については下記のような使い方が可能です。
監視スクリプトをバックグラウンド実行し、スクリプト内で qwaitを実行します。
exitコード(上記のマニュアルに記載があります)で判定し、その後の動作を分岐させています。
参考にしてください。
-----------
$ qsub job1-1
Request 12345.cmc submitted to queue: Pxx.
$ (./chkjob >& log &)
----- chkjob
#!/bin/sh
while :
do
qwait 12345.cmc #リクエストIDを任意のものに変更して下さい
case $? in
0) qsub job1-2;exit;;
1) qsub job2-1;exit;;
2) qsub job3-1;exit;;
3) echo NQS error | mail xxxx@yyyy.ac.jp;exit;;#メールアドレスを任意のものに変更してください
7) continue;;
*) ;;
esac
done
------------
以上です。
このエラーの原因は基本的に以下の２つのどちらかとなります。
改行コードがCRLFのファイルはエディタ(vi,emacsなど)で開いた際、画面下に[DOS]と表記されます。
アップロードする前の対処方法としては下記の通りです。
またアップロード後であっても、フロントエンドノード上で以下のコマンドを実行することで、
改行コードがCRLFからLFに変換されたsample2.shが生成されます。
sed 's/\r//g' sample.sh > sample2.sh
SX用クロスコンパイラの場合、下記のようにコンパイルすることが可能です。
% sxc++ -S a.c
% sxf90 b.f90 a.s
intelコンパイラの場合、下記のようにコンパイルすることが可能です。
% icc -c a.c
% ifort b.f90 a.o
I-CACHE、O-CAHCEとは、SXにてプログラムを実行後に出力される「プログラム情報※1」内の項目の一つです。
名称）
I-CACHE ： 命令キャッシュ（ミス）
O-CACHE ： オペランドキャッシュ（ミス）
意味）
スカラユニット用のキャッシュ（I-CACHE、O-CACHE 両方共）。
「プログラム情報」ではプログラム中でベクトル化されていない、
スカラ処理部分におけるキャッシュミス時間を表示している。
キャッシュ構成）
スカラマシンの有している L1 キャッシュと同等の機能。
SX-9 の場合は32KB（256B/キャッシュライン * 64エントリ * 2way）を有している。
チューニング方法）
１．スカラ処理部分を可能な限りベクトル化する。ベクトル化することにより
キャッシュミス時間は自動的に削減される。
２．極限までベクトル化した後もキャッシュミス時間が残る場合、
スカラマシンと同様にキャッシュのスラッシング対策を行う。
具体的には、O-CACHE値等で 2way で追い出し(スラッシング) が
発生しているかどうかを確認し、スラッシングが発生している場合は
配列をずらすことでスラッシングを回避してキャッシュヒット率を高める。
これによりキャッシュミス時間を削減する。
※1プログラム情報
ジョブスクリプトに「setenv F_PROGINF DETAIL」を指定する事で標準エラー出力に出力
出力例（英語）：
****** Program Information ******
Real Time (sec) : 1.055745
User Time (sec) : 0.009741
Sys Time (sec) : 0.019627
Vector Time (sec) : 0.000047
Inst. Count : 1887787.
V. Inst. Count : 2284.
V. Element Count : 324751.
FLOP Count : 26141.
MOPS : 226.902166
MFLOPS : 2.683605
A. V. Length : 142.185201
V. Op. Ratio (%) : 14.692927
Memory Size (MB) : 192.031250
MIPS : 193.798070
I-Cache (sec) : 0.002054
O-Cache (sec) : 0.001399
Bank Conflict Time
CPU Port Conf. (sec) : 0.000010
Memory Network Conf. (sec) : 0.000007
Start Time (date) : Wed Nov 17 00:24:43 JST 2010
End Time (date) : Wed Nov 17 00:24:44 JST 2010
出力例（日本語）：
（環境変数「setenv LANG japan」を指定）
****** プログラム情報 ******
経過時間 (秒) : 1.044924
ユーザ時間 (秒) : 0.010063
システム時間 (秒) : 0.020361
ベクトル命令実行時間 (秒) : 0.000050
全命令実行数 : 1891084.
ベクトル命令実行数 : 2284.
ベクトル命令実行要素数 : 324751.
浮動小数点データ実行要素数 : 26146.
MOPS 値 : 219.969293
MFLOPS 値 : 2.598231
平均ベクトル長 : 142.185201
ベクトル演算率 (%) : 14.671042
メモリ使用量 (MB) : 192.031250
MIPS 値 : 187.924476
命令キャッシュミス (秒) : 0.001853
オペランドキャッシュミス (秒) : 0.001798
バンクコンフリクト時間
CPU ポート競合 (秒) : 0.000008
メモリネットワーク競合 (秒) : 0.000007
開始時刻 (日付) : 2010年 11月 30日 火曜日 15:25:14 JST
終了時刻 (日付) : 2010年 11月 30日 火曜日 15:25:15 JST
Users's Reference に記載されてるコマンドは存在しますので可能です。
Utility Programs http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm
利用する場合は、バッチリクエスト用シェルスクリプト内に、Referenceに記載の方法で記述しバッチリクエストを投入してください。
例）カレントフォルダにあるwater.chkをwater.fchkに変換している（PCクラスタ）
以下の一行をバッチリクエスト用のシェルスクリプト内に記述。
${g09root}/g09/formchk water.chk water.fchk
マニュアル等を参考にお試しいただければと思います。
