2018.05.29

インテルプロセッサ 基本セミナー

概要

本セミナーでは、OCTOPUSに導入されているIntel最新プロセッサとIntelコンパイラついて解説を行います。また、OCTOPUSでも利用可能な「IntelAdvisor」等の性能解析ツールを用いたプログラムの最適化についても解説を行います。
 

プログラム

7月3日(火)
13:00 - 13:05 開催挨拶
13:05 - 14:40 インテルコンパイラーの最適化オプション紹介
14:40 - 14:50 休憩
14:50 - 16:20 解析ツールを用いたパフォーマンス問題の修正
16:20 - 16:25 閉会挨拶

 

こんな方におすすめです

  • OCTOPUSを利用中、もしくは利用を考えている方
  • Intelコンパイラを使用しているプログラムを高速化したい方
  • IntelAdvisorなどの性能解析ツールにご興味のある方

 

セミナー資料

※利用者番号での認証が必要です。
インテルコンパイラー最適化オプション 入門&活用編
インテルコンパイラーによる最適化やベクトル化について インテルAdvisorによるループ解析
インテルの分析ツールによる並列プログラム評価方法

2018.05.08

有限要素記述言語 FreeFem++ による数値シミュレーション

概要

FreeFem++ はパリ第六(ピエールマリーキュリー)大学 J.-L. Lions 研究所の Frédéric Hecht 教授らによる有限要素法ソフトウェアパッケージです.
有限要素メッシュの生成, 離散化行列の線形ソルバーおよび可視化の一式を網羅しているため, ユーザーは数理モデルの構築, 時間発展の離散化, 非線形問題の解法に専念にできます.
弱形式の離散化プロセスを専用のスクリプト言語とデータ構造で非常に簡単に記述できるところが, 通常の専用あるいは汎用有限要素解析ソフトウェアとの大きな違いです.
もともとは数値計算の教育を目的として作られましたが, MPI による並列計算や 3次元要素を扱う機能を拡張し, 有限要素法によるシミュレーションのプロトタイプ実行を実現する優れたソフトウェアになっています.
本セミナーは F. Hecht 教授による講演と, 国内で FreeFem++ を用いている研究者の方々による利用法とノウハウ, 及びサイバーメディアセンターでの大型計算機システム, VCC, Octopus での利用の紹介から成ります.
 

以下のような方におすすめです

  • 流体力学の数値シミュレーション、構造解析、電磁解析を行いたい方
  • 一般的な有限要素解析ソフトウェアからの移行に興味がある方
  • C, C++言語 によるプログラム経験がある方

 

プログラム

13:30-14:30 Brain imaging with FreeFem++
Frédéric Hecht ソルボンヌ大学 J. L.リオンス研究所
14:45-15:10 Numerical simulation of crack growth by FreeFem++
高石 武史 武蔵野大学 工学部
     Numerical results of the crack growth model with phase field approach that is derived by Kimura and the author show the advantage of the adaptive mesh method.
15:10-15:35 Shape design of unsteady heat-convection fields
片峯 英次 岐阜工業高等専門学校 機械工学科
     The authors describe the shape design for controlling the temperature distribution history in the unsteady heat convection field to the target temperature distribution history. The square error integral between the actual temperature distributions and the target temperature distributions is used as the objective functional.Reshaping is carried out by the traction method proposed as an approach to solving shape optimization problems.The validity of proposed method is confirmed by results of 2D numerical analyses.
15:45-16:10 Shape optimization problem for suppressing time periodic flows
中澤 嵩 大阪大学 数理データ科学研究センター
     In this presentation, the new shape optimization method is developed, where the eigenvalue of Snapshot Proper Orthogonal Decomposition(POD) is defined as the cost function and the nonstationary Navier-Stokes problem and the eigenvalue problem of snapshot POD are used as the constraint functions. Numerical results reveal that time periodic flow is suppressed by the shape optimization method.
16:10-16:35 Shape optimization analyses by FreeFem++
畔上 秀幸 名古屋大学 大学院情報学研究科
     Problems finding shapes of domains in boundary value problems of partial differential equations are solved by FreeFem++. The outline of formulation and solution of the shape optimization problem is introduced and applied to some engineering problems.
16:45-17:00 Usage of FreeFem++ on VCC/Octopus systems in Cybermedia Center
鈴木 厚 大阪大学 サイバーメディアセンター
     FreeFem++ is installed on VCC and Octopus systems linked with Intel Math Kernel Library to utilize latest multi-core CPU. FreeFem++ script to use direct linear solvers, Intel Pardiso, MUMPS, and Dissection for multi-core shared memory computing node is shown.

 

2017.07.20

大規模連立一次方程式の解法について : 直接法

概要

 本セミナーでは、大規模連立一次方程式を求解する直接法ソフトウェアパッケージについて解説し、スーパースカラー型並列計算機 VCC、ベクトル型並列計算機 SX-ACE での利用法を紹介します。
 

目次

・直接法概観
・疎行列データ格納形式、CSR
・直接法ソフトウェアパッケージの利用
 初期化、シンボリック分解、数値分解、前進後退代入、終了処理の手続について
・VCC/SX-ACE でのライブラリーのリンク方法
 

こんな方におすすめです

・流体、構造、電磁場解析などの数値シミュレーションで連立一次方程式を解きたい方
・マルチコアCPUと共有メモリー構成での並列計算に興味のある方
・C、Fortran によるプログラム経験がある方
 

備考

・座学および実習からなるセミナーです。
・ネットワークに接続可能で、ターミナルソフトのインストールされたノートPCをお持ちください
・スーパーコンピュータSX-ACE、VCCを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

直接法について

 工学や物理学での流体、構造、電磁場解析など数値シミュレーションでは偏微分方程式を離散化して生じる大規模な連立の線形あるいは非線形の方程式を解く必要があります。非線形問題は Newton 法などによって線形化することで、最終的に大規模な疎行列からなる連立一次方程式を解くことになります。
 
 疎行列解法には LU 分解により構成される直接法と共役勾配法などに代表される反復法があります。直接法は非線形性が強い問題から得られた行列、あるいは異なる物理係数により条件数が大きい行列などの反復法が苦手とする行列に対しても安定して求解できますが、計算量が多い問題点があります。一方、反復法は計算量は少ないが、反復計算の収束は問題に強く依存し現実的な時間内に収束しない場合もあります。
 
 本セミナーでは近年のソフトウェア技術の進歩と数学理論の発展により並列化が可能になり、計算効率が向上している直接法を取り上げます。サイバーメディアセンターの VCC では Intel MKL に付属する Pardisoソフトウェアおよび、オープンソースソフトウェアの MUMPS と Dissection が利用できます。また、SX-ACE では後者の2つのソフトウェアが利用できます。セミナー後半ではこれらのソフトウェアの利用法を解説し実習を行ないます。これらの直接法ソフトウェアは共有メモリーのマルチコア CPU 構成で稼動するため、既存のコードの計算時間を短縮することが容易にできます。また Dissection は4倍精度演算も可能なため、倍精度演算による求解では精度が不足する問題もターゲットとすることができます。
 

公開資料

講演資料(pdf)
実習用ソースコード(.tar.gz)

 

2016.11.08

RIIT チュートリアル 2016 - Julia & FreeFem++

九州大学 情報基盤研究開発センターにて、代表的なフリーソフトウェアである Julia とFreeFem++ の実習付きチュートリアルを開催します.(共催:大阪大学 サイバーメディアセンター)
 
参加をご希望の方は下記のページを御覧ください。
九州大学 情報基盤研究開発センターHP 案内ページ
※申込期限は,11月18日(金)となります。
 

科学技術計算専用言語 Julia

日時

    11月24日(木) 13:00 - 17:00

講師

    降籏 大介 氏(大阪大学 サイバーメディアセンター)

概要

    Julia はマサチューセッツ工科大学 (MIT) で開発された科学技術計算専用言語でMatlab や Python によく似た使いやすさと C 言語や Fortran と同等の高速さを兼ね備えた最先端軽量プログラミング言語として注目されています.Julia の文法は科学技術計算に適しており,BLAS, LAPACK, GMP などの定番ライブラリが最初から組み込まれています.整数・実数の任意精度計算,並列計算,オブジェクト指向のさらに先の多重ディスパッチをサポートしています.1,000 以上のユーザ作ライブラリ (Package) が公式に登録されています.C, Python,Fortran などの他の言語との相互呼び出しが可能であり,外部プログラムの呼び出しなどのシェル的な利用もできます.ドキュメントも完備されており,ユーザコミュニティも活発です.MIT ライセンスとしてフリーかつオープンソースであることも大きな特長です.
    本チュートリアルでは, Julia 言語そのものについての入門的解説から始め,非線形偏微分方程式の求解を例にした Julia による数値解析手法の紹介,および並列計算について解説します.

プログラム

    13:00 - 14:10 Julia 言語そのものについて入門的解説
    14:25 - 15:35 Julia 言語による数値解析
    - 非線形偏微分方程式を例にして
    15:50 - 17:00 Julia 言語による並列計算

     

FreeFem++ による有限要素プログラミング

日時

    11月25日(金) 10:00 - 17:00

講師

    鈴木 厚 氏(大阪大学 サイバーメディアセンター)

概要

    FreeFem++ はパリ第六(ピエールマリーキュリー)大学の J.-L. Lions 研究所のF. Hecht 教授らによる有限要素法ソフトウェアパッケージです.有限要素メッシュの生成,離散化行列の線形ソルバーおよび可視化の一式を網羅しているため,ユーザーは数理モデルの構築,時間発展の離散化,非線形問題の解法に専念にできます.弱形式の離散化プロセスを専用のスクリプト言語とデータ構造で非常に簡単に記述できるところが,通常の専用あるいは汎用有限要素解析ソフトウェアとの大きな違いです.
    もともとは数値計算の教育を目的として作られましたが,並列計算や 3次元要素を扱う機能を拡張し,有限要素法によるシミュレーションのプロトタイプ実行を実現する優れたソフトウェアになっています.
    FreeFem++ は非常に強力なツールですが,その反面,ソフトウェアを使いこなすためには有限要素法の数学的記述法とスクリプト言語記述の知識が必要になります.本チュートリアルでは,代表的な偏微分方程式の弱形式による記述法から始め,剛性行列の記述方法と連立一次方程式ソルバーの利用法,非線形反復の実現方法を概観します.3次元計算では,連立一次方程式を GMRES 法などの反復法で解くことになりますが,適切な前処理を選択することが高速計算のためには重要になります.直接法を部分的に取り込んだ Additive Schwarz 法による前処理を紹介します.

プログラム

    10:00 - 11:00 偏微分方程式と弱形式
    - Poisson 方程式,Navier-Stokes 方程式,静磁場方程式
    11:15 - 12:15 弱形式から有限要素剛性行列へ
    - 疎行列と連立方程式,非線形反復のための Newton 法
    13:45 - 14:45 FreeFem++ 言語
    - matrix, array, for loop, function
    15:00 - 17:00 3次元問題と実習
    - Additive Schwarz 前処理による GMRES 法を用いた反復解法

 

参考リンク

2016.08.03

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第4回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第4回目は、LAMMPS のReaxFF オプションについて、将来のManyCore システムに向けた自前改造の検討について、既存プログラムへの最適化適用の考え方と実践的な対応の仕方について、講演する。なお、現時点では、LAMMPS でのReaxFF のOpenMP 最適化などは、実施されていない模様であり、大規模化に向けては何らかの対処が必要な状況である。
第4回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。

 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日 終了しました
第3回:2016年7月13日 終了しました
第4回:2016年8月3日 終了しました
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水) 終了しました
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月13日(水) 終了しました
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月3日(水) 終了しました
11:00~11:40 ReaxFF についての紹介
11:40~12:00 前回の復習(動作確認とプロファイル取得)
12:00~13:30 (昼食)
13:30~14:15 MD 計算などにおけるOpenMP によるManyCore 向けの並列対処の定石と、
OpenMP タスク並列による経過時間短縮法
14:15~15:00 MPI/OpenMP の実習体験

  • OpenMP での足し込み衝突回避の作業用配列を使う事例
  • 異なる計算をタスク並列する事例
15:00~15:15 (休憩)
15:15~16:00 対話型ミーティング:
各自、これまで3回のセミナーを受けてのLAMMPS 大規模計算等について
16:00~16:45 LAMMPS のReaxFF コードの最適化適用の試行的な実施
16:45~17:30 HPCI や京の申請に向けた性能データ取得 (解説・支援)

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 

2016.07.13

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第3回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第3回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日 終了しました
第3回:2016年7月13日
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水) 終了しました
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月13日(水)
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 

2016.06.03

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第2回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第2回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
(5/23追記)第2回 予告資料を公開しました。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日
第3回:7月開催予定
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水)
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月開催予定
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 

2016.04.14

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第1回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
参加申し込みはこちらからお願いいたします。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日
第2回:2016年6月1日
第3回:7月開催予定
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木)
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水)
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月開催予定
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習
2015.04.30

IDL Data Analysis and Visualization セミナー
~お困りではないですか? データ解析、可視化、アプリケーションの作成~

概要

IDLは、豊富な解析機能と多彩なグラフィックス表示機能、またアプリケーション開発機能も備えた、
データ解析・可視化のための統合ツールです。
天文・物理・核融合・気象・医療・各種実験・計測処理など研究分野を問わず利用が可能で、
配列指向型言語なので膨大で複雑なデータ処理にも最適です。
 

プログラム

・IDLとは?
 -Exelis VISの簡単なご紹介とIDLの概要説明
・IDLの機能紹介(データ解析機能、可視化機能、GUI作成など)
 -デモンストレーション含めたご紹介
・利用分野、事例紹介
 -IDLがどのような分野でどのように使われているか、事例も交え紹介
・サイバーメディアセンターの設備や施設案内など
 

開催場所について

本講習会はグランフロント大阪 タワーC 9階(ナレッジオフィス VisLab Osaka)で開催いたします。
グランフロント大阪のアクセスについては、こちらをご覧ください。
タワーC9階については、こちらをご覧ください。
 

参考情報

Exelis VIS(株) IDLについて

2015.04.02

並列プログラミング言語 XcalableMP(XMP) セミナー

概要

並列プログラミング言語XcalableMP(XMP)は、CもしくはFortranで書かれた
逐次プログラムにOpenMPのような指示文を加えることにより,逐次プログラムを
分散メモリシステム用に並列化できる言語です。
また、指示文以外にも、片側通信を簡易に表現できる記法を提供しています。
本セミナーでは、XMPの講習およびXMPを使った並列プログラム作成と実行を
SX-ACE上で行うことで、XMPによる並列プログラム開発を体験していただきます。
 

内容

・XMPの概要
・実習1:指示文を用いたステンシル計算の並列化
・実習2:片側通信機能を用いた行列積の並列化
 

対象者

・分散メモリシステムへプログラムの移行を検討されている方
・並列プログラム開発の生産性向上に関心のある方
・並列プログラミング言語に関心のある方
・ただし、下記の事前知識が必要です
 ・FortranもしくはC言語について、プログラミング経験を有すること
 ・UNIX環境の利用経験があること
 

受講にあたってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを
必ずお持ちください。また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を
使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

講義資料

XMP講義資料(XcalableMP公式ページへのリンク)
 

2015.02.02

SX-ACEにおける高速化技法の基礎(東北大学 映像配信)+ハンズオンセミナー

概要

当センターでは3月23日(月)に、東北大学サイバーサイエンスセンターで開催いたします
講習会「新スーパーコンピュータSX-ACEにおける高速化技法の基礎」の映像配信を実施いたします。
 
また、同日14:00からは会場にて、大阪大学 教職員・NEC技術者による
利用者持ち込みプログラムの高速化ハンズオンセミナーを開催いたします。
 

プログラム

10:00−12:00 高速化技法の基礎1(東北大学からの映像配信・実習)
12:00-13:00 昼休み
13:00-14:00 高速化技法の基礎2(東北大学からの映像配信・実習)
14:00-17:00 ハンズオンセミナー(大阪大学 教職員・NEC技術者が現地で対応)
 

ハンズオンセミナー

同じSX-ACEを有する東北大学サイバーサイエンスセンターと連携して
SX-9からSX-ACEへの速やかな移行とSX-ACEの高効率利用を目的とした
プログラムの高速化ハンズオンセミナーを開催します。
 
本セミナーでは、事前にユーザの皆様にプログラムをご提出いただき、
両センターの教職員・NECの技術者らがSX-ACEにおける高速化・並列化のポイントをアドバイスします。
ハンズオンセミナーに参加を希望される方は3月5日まで持ち込みプログラムの事前提出が必要です。
詳しくは、申込後こちらから個別にご連絡いたします。
 
参加者数には限りがございますので,お早めにお申し込みください。
ハンズオンセミナーのみの参加はできませんのでご注意ください。
 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、無線ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

開催場所について

本講習会はグランフロント大阪 タワーC 9階(ナレッジオフィス VisLab Osaka)で開催いたします。
グランフロント大阪のアクセスについては、こちらをご覧ください。
タワーC9階については、こちらをご覧ください。
 

配布資料

新スーパーコンピュータにおける 高速化技法の基礎(pdf)
 

関連情報

東北大学 サイバーサイエンスセンター 大規模科学計算システム
東北大学 サイバーサイエンスセンター 講習会ページ

 

2014.09.08

intel XeonPhiセミナー

概要

当日のプログラムは下記の通りです。

13:00-13:30(30分) インテル® Xeon® Phi™ コプロセッサー製品のご紹介
13:30-14:20(50分) インテル® メニー・インテグレーテッド・コア(インテル® MIC)アーキテクチャー概要- インテル® MIC システム構成と管理ツール
MIC プラットフォーム・ソフトウェア・スタック (MPSS) の説明および管理ツールの使い方と簡単なデモ
14:20-14:30 休憩(10分)
14:30-14:40(10分) インテル® ソフトウェア開発製品のご紹介
インテル® MIC アーキテクチャーでサポートされるインテル(r) ソフトウェア   開発製品のご案内。プロファイラー(インテル(r) VTune(tm) Amplifier XE)、MKL、 Debuggerのご紹介
14:40-15:20(50分) ※ ハンズオン実習あり
ヘテロジニアス・プログラミングおよび実行モデル、オフロード・プログラミング(非共有と仮想共有)、データ転送概要、ネイティブ実行、複数 MIC カード構成実行 (MPI) モデルについてご紹介
15:30-16:20(50分) ※ ハンズオン実習あり
インテル® ソフトウェア開発製品を使用したデモ
オフロード・プログラミング(非共有)とネイティブ実行のデモ、OpenMP など並列化モデルで並列化した際のパフォーマンス比較デモ、インテル® VTune™ Amplifier XE を使用してプロファイリングのデモを実施。
16:20-16:30(10分) 質疑応答
16:30-17:00 予備時間

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