2016.09.27

平成28年度 SX-ACE 特別マルチノードプログラミング相談会

概要

本センターでは、昨年度成果報告を提出頂きました利用者様から、マルチノード化により、さらなる研究成果が見込まれると思われる利用者様を中心に、特別相談会の案内を送付しております。
  
本相談会では、SX-ACE導入業者である日本電気株式会社よりチューニングのエキスパートを招き、利用者様方へのプログラムへの分析や最適化のアドバイスを実施いたします。SX-ACEでより高精度かつ高速な計算を実現するための有意義なご提案ができればと考えております。
 

内容

・SX-ACEの利用方法、チューニング方法の解説
・利用者様のプログラム最適化、アドバイス
・HPCIやJHPCNへの申請アドバイス
 ※プログラムは事前にお預かりすることにより、より有益なアドバイスを提供可能です。
 

2016.08.03

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第4回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第4回目は、LAMMPS のReaxFF オプションについて、将来のManyCore システムに向けた自前改造の検討について、既存プログラムへの最適化適用の考え方と実践的な対応の仕方について、講演する。なお、現時点では、LAMMPS でのReaxFF のOpenMP 最適化などは、実施されていない模様であり、大規模化に向けては何らかの対処が必要な状況である。
第4回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。

 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日 終了しました
第3回:2016年7月13日 終了しました
第4回:2016年8月3日 終了しました
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水) 終了しました
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月13日(水) 終了しました
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月3日(水) 終了しました
11:00~11:40 ReaxFF についての紹介
11:40~12:00 前回の復習(動作確認とプロファイル取得)
12:00~13:30 (昼食)
13:30~14:15 MD 計算などにおけるOpenMP によるManyCore 向けの並列対処の定石と、
OpenMP タスク並列による経過時間短縮法
14:15~15:00 MPI/OpenMP の実習体験

  • OpenMP での足し込み衝突回避の作業用配列を使う事例
  • 異なる計算をタスク並列する事例
15:00~15:15 (休憩)
15:15~16:00 対話型ミーティング:
各自、これまで3回のセミナーを受けてのLAMMPS 大規模計算等について
16:00~16:45 LAMMPS のReaxFF コードの最適化適用の試行的な実施
16:45~17:30 HPCI や京の申請に向けた性能データ取得 (解説・支援)

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 

2016.07.28

AVS可視化処理応用

9/21 追記
開催会場が下記に変更となります。(建物は同じです)
サイバーメディアセンター本館 1階 サイバーメディアコモンズ

 

概要

AVS/Expressは、流体、構造解析、医療といった様々な分野で利用される汎用可視化ソフトウェアです。
本講習会では、AVS/Expressの基本的な操作方法について解説します。
 

対象者

AVS/Expressに興味のある方

 

プログラム

    1. 各種可視化手法の紹介
     1)流体解析データを利用した可視化手法
      等値面、断面、ベクトル、流線、パーティクルトレースなど
     2)構造解析データを利用した可視化手法変形など
    2. その他、テクニックの紹介
    3. 可視化結果の保存方法の紹介
      画像、動画、形状
    4. 無償ビューアーの紹介

 

受講に当たってのご注意

講習前に、ソフトウェアのインストールを行いますので、以下の条件を満たすノートPCをお持ちください。
推奨動作環境: CPU:1GHz以上 メモリ:256MB以上、グラフィック:OpenGLが動作可能、
インストールに必要なディスク容量:600MB
インストールしたソフトウェアは、受講後もご利用頂けます。
 

2016.07.28

AVS可視化処理入門

9/21 追記
開催会場が下記に変更となります。(建物は同じです)
サイバーメディアセンター本館 1階 サイバーメディアコモンズ

 

概要

AVS/Expressは、流体、構造解析、医療といった様々な分野で利用される汎用可視化ソフトウェアです。
本講習会では、AVS/Expressの基本的な操作方法について解説します。
 

対象者

AVS/Expressに興味のある方

 

プログラム

    1. AVS/Express 概要
    2. 可視化事例紹介
    3. モジュールの基本操作
    4. 表示物の基本操作
    5. 利用データに合わせた表示方法の紹介(ネットワーク)
    6. データフォーマットの紹介

 

受講に当たってのご注意

講習前に、ソフトウェアのインストールを行いますので、以下の条件を満たすノートPCをお持ちください。
推奨動作環境: CPU:1GHz以上 メモリ:256MB以上、グラフィック:OpenGLが動作可能、
インストールに必要なディスク容量:600MB
インストールしたソフトウェアは、受講後もご利用頂けます。
 

2016.07.13

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第3回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第3回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日 終了しました
第3回:2016年7月13日
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水) 終了しました
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月13日(水)
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 

2016.07.08

SX-ACE 並列プログラミング入門(HPF)

概要

本講習会ではHPFを用いて指示行の追加のみでスーパーコンピュータ(SX)で動作する分散並列プログラムを作成する方法の基礎を説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

HPFとは

HPF(High Performance Fortran)は、Fortranの分散メモリ型並列計算機向け拡張仕様です。
Fortranプログラムに対してコメント形式の指示行を挿入することで、分散並列化が行えるため、
MPIに比べ習得が容易です。
サイバーメディアセンターで運用しているSX-ACEで、HPFを利用することが可能です。
※SX以外の計算機では利用環境がありませんのでご注意ください。
 

こんな方におすすめです

・大規模並列化について興味があるが、簡易に大規模並列化を行いたい方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方

 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

参考情報

MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
 

配布資料

SX-ACE並列プログラミング入門(HPF)(pdf)

2016.07.08

SX-ACE 並列プログラミング入門(MPI)

概要

本講習会では一般的なMPIによる並列プログラミングの基礎と利用をFortran を用いて実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

MPIとは

MPIとは、分散メモリ並列処理におけるメッセージパッシング(複数のプロセス間でデータをやり取りするために用いるメッセージ通信操作)の標準規格のことです。
ノード間をまたがる並列化が可能となるため、その分大きなメモリ空間が利用可能になります。ただし、ユーザ自身で処理の分割やノード間の通信を指示する必要があるため、プログラミングの負担がやや大きくなります。
SX-ACEを利用する場合、MPIより簡易なノード間並列手法として「HPF」を用意しております。講習会はこちらからお申込みください。
 

こんな方におすすめです

・大規模並列化について興味がある方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方
 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

参考情報

MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
 

配布資料

SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)(pdf)
SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)演習補足資料(pdf)

 

2016.07.08

並列コンピュータ 高速化技法の基礎

概要

本講習会では、並列コンピュータ(VCC,HCC)で動作するプログラムの高速化を目的とした最適化及び並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
 

こんな方におすすめです

  • ・並列コンピュータ(VCC,HCC)でお手持ちのプログラムを高速化したいが、その方法がわからない方
  • ・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
  • ・C, Fortran によるプログラム経験がある方

 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

配布資料

並列コンピュータ高速化技法の基礎(pdf)

 

2016.07.07

SX-ACE 高速化技法の基礎

概要

本講習会では、スーパーコンピュータ(SX)で動作するプログラムの高速化を目的とし、最適化(ベクトル化)及びノード内並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

こんな方におすすめです

  • ・SX-ACEのプログラムを高速化したいが、その方法がわからない方
  • ・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
  • ・C, Fortran によるプログラム経験がある方

 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

参考情報

ベクトル化利用方法
OpenMP/自動並列化利用方法
 

配布資料

SX-ACE高速化技法の基礎(自動ベクトル化)(pdf)
SX-ACE高速化技法の基礎(自動並列/OpenMP)(pdf)
SX-ACE高速化技法の基礎(演習用資料)(pdf)
 

2016.07.07

スーパーコンピュータ概要とスーパーコンピュータ利用入門

概要

サイバーメディアセンターのスパコンを使いながら、UNIXとスパコンの基礎知識や利用方法について学びます。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きですので、スパコンをこれから使ってみようと考えている方に、大変おすすめできる内容となっています。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
 

プログラム

9月6日
13:30 - 14:30 スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介
14:45 - 16:00 UNIX入門
16:15 - 17:30 スパコンを使った演習
 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

講習会資料

スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介(pdf)
スーパーコンピュータ利用入門(pdf)
大規模計算機システムの利用(pdf)

 

2016.07.07

スパコンに通じる並列プログラミングの基礎

概要

本講習会では、並列プログラミングについて、まったくの初心者向けにその手法や考え方の基礎について紹介します。
 
また、大規模な並列計算が可能な大型計算機やコンピュータシステムを扱うのに必要となる unix についても、まったくの初心者でも困らないように簡単な概観を提示します。こうした並列システム、並列プログラミングについてあまり触れたことはないが興味のある方、その上で学習、研究をしようと考えている方はぜひご参加ください。
 

以下のような方におすすめです

  • ・ 並列計算について興味はあるが、ハードウェアやソフトウェア技術について概要がわからないので、どこから始めたら良いかわからない学生、研究者
  • ・ unixをさわったことがあるが、様子がよくわからず勝手がつかめなかった方
  • ・ 慣れていないが、並列計算を用いて学習、研究をしようと考えている方

 

講習会資料

スパコンに通じる並列プログラミングの基礎(pdf)

 

2016.06.21

Gaussian講習会(東北大学 映像配信)

本講習会は東北大学サイバーサイエンスセンターからの映像配信による講習会となります
 

概要

非経験的分子軌道計算プログラムとして広く使用されている
ソフトウェア「Gaussian」の入門講座として、基本的な使い方から紹介します。
「Gaussian」は大阪大学サイバーメディアセンターでもサービス提供しており、
これから利用してみたい、という方にお勧めの内容となっております。
 
受講に当たっては、以下の点にご注意ください。
 1.講習内容は、東北大学の講習会をTV会議システムを
   使用して受信するという形になりますので、
   システムの違いや制約が あることを予めご了承願います。
 
 2.大阪大学では実習は行いません。
   東北大学では15:00~17:00で実習を行いますが、
   大阪大学では15:00で講習会配信を終了します。
 
 3.ネットワークや機材等の不調により、当日においても中止する場合がありますので、
   予めご了承願います。
 

関連情報

東北大学 サイバーサイエンスセンター 大規模科学計算システム
東北大学 サイバーサイエンスセンター 講習会ページ

2016.06.17

Supercomputing Contest 2016

SupercomputingContest2017を2017年8月22日-26日に開催します。
 

開催スケジュール

予選課題発表  :2016年6月1日(水) 正午 発表予定
参加申し込み締切:2016年6月17日(金) 正午必着
本戦      :2016年8月22日(月) - 8月26日(金)
 

概要

SupercomputingContestは、スーパーコンピュータを駆使した高校生のプログラミング大会です。
予選を通過した10組のチーム(1チーム2~3名)が大阪大学、東京工業大学の会場に分かれ、スーパーコンピュータを使ったプログラミングを行います。数日間かけて本選課題の問題を解くプログラムを作成し、作成最終日に提出されたプログラムの正確さ・速度を審査委員会が評価し、コンテスト最終日の成果報告会で発表します。本選課題には、科学技術の様々な分野から最先端の話題が選ばれ、それを高校生にもわかりやすい問題にして、皆さんに挑戦してもらいます。
 

詳細

参加方法やコンテストの詳細については公式WEBサイトをご覧ください。
 

公開資料

ポスター
 

2016.06.08

学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 (JHPCN) 第8回シンポジウム

「学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN)」は,北海道大学,東北大学,東京大学,東京工業大学,名古屋大学,京都大学,大阪大学,九州大学にそれぞれ附置するスーパーコンピュータを持つ8つの施設を構成拠点とし,東京大学情報基盤センターがその中核拠点として機能する「ネットワーク型」共同利用・共同研究拠点です。文部科学大臣の認定を受け,平成22年4月より活動を行っています。
 
この度,下記の通り,学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN) 第8回シンポジウムを開催致します。
当シンポジウムでは,平成27年度に実施された共同研究課題35件の研究成果を口頭発表で報告し,平成28年度に採択された共同研究課題39件の研究内容および萌芽課題の研究内容をポスターセッションで紹介いたします。
 
多くの皆様のご参加をお待ちしております。
 

第8回シンポジウム

■日 時 :2016年7月14日(木) 10:00 - 18:30 (懇親会:18:30- ), 15日(金) 10:00 - 16:40
■場 所 :THE GRAND HALL(品川)
      〒108-0075 東京都港区港南2-16-4 品川グランドセントラルタワー 3F
■定 員 :250名
■参加費用:シンポジウム参加無料(事前登録をお願いします)
      懇親会4,000円(当日、受付で現金にて申し受けます)
■申込方法:下記のページからお申込みください。
      第8回シンポジウム WEBページ
■申込〆切:2016年7月5日(火) 17:00
 
■主 催:学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点
     - 北海道大学 情報基盤センター
     - 東北大学 サイバーサイエンスセンター
     - 東京大学 情報基盤センター
     - 東京工業大学 学術国際情報センター
     - 名古屋大学 情報基盤センター
     - 京都大学 学術情報メディアセンター
     - 大阪大学 サイバーメディアセンター
     - 九州大学 情報基盤研究開発センター
 

プログラム

第8回シンポジウム WEBページをご覧ください。
 

問い合わせ先

JHPCN拠点事務局 jhpcn@itc.u-tokyo.ac.jp
 

2016.06.03

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第2回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第2回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
(5/23追記)第2回 予告資料を公開しました。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日 終了しました
第2回:2016年6月1日
第3回:7月開催予定
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木) 終了しました
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水)
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月開催予定
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習

 

参考資料

第2回 予告資料
第2回資料「VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算」

 

2016.05.02

SX-ACE 並列プログラミング入門(HPF)

概要

本講習会ではHPFを用いて指示行の追加のみでスーパーコンピュータ(SX)で動作する分散並列プログラムを作成する方法の基礎を説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

HPFとは

HPF(High Performance Fortran)は、Fortranの分散メモリ型並列計算機向け拡張仕様です。
Fortranプログラムに対してコメント形式の指示行を挿入することで、分散並列化が行えるため、
MPIに比べ習得が容易です。
サイバーメディアセンターで運用しているSX-ACEで、HPFを利用することが可能です。
※SX以外の計算機では利用環境がありませんのでご注意ください。
 

こんな方におすすめです

・大規模並列化について興味があるが、簡易に大規模並列化を行いたい方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方

 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

参考情報

MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
 

配布資料

SX-ACE並列プログラミング入門(HPF)(pdf)

2016.05.02

SX-ACE 並列プログラミング入門(MPI)

概要

本講習会では一般的なMPIによる並列プログラミングの基礎と利用をFortran を用いて実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

MPIとは

MPIとは、分散メモリ並列処理におけるメッセージパッシング(複数のプロセス間でデータをやり取りするために用いるメッセージ通信操作)の標準規格のことです。
ノード間をまたがる並列化が可能となるため、その分大きなメモリ空間が利用可能になります。ただし、ユーザ自身で処理の分割やノード間の通信を指示する必要があるため、プログラミングの負担がやや大きくなります。
SX-ACEを利用する場合、MPIより簡易なノード間並列手法として「HPF」を用意しております。講習会はこちらからお申込みください。
 

こんな方におすすめです

・大規模並列化について興味がある方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方
 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

参考情報

MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
 

配布資料

SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)(pdf)
SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)演習補足資料(pdf)

 

2016.05.02

並列コンピュータ 高速化技法の基礎

概要

本講習会では、並列コンピュータ(VCC,HCC)で動作するプログラムの高速化を目的とした最適化及び並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
 

こんな方におすすめです

  • ・並列コンピュータ(VCC,HCC)でお手持ちのプログラムを高速化したいが、その方法がわからない方
  • ・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
  • ・C, Fortran によるプログラム経験がある方

 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

配布資料

並列コンピュータ高速化技法の基礎(pdf)

 

2016.05.02

SX-ACE 高速化技法の基礎

概要

本講習会では、スーパーコンピュータ(SX)で動作するプログラムの高速化を目的とし、最適化(ベクトル化)及びノード内並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
 

こんな方におすすめです

  • ・SX-ACEのプログラムを高速化したいが、その方法がわからない方
  • ・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
  • ・C, Fortran によるプログラム経験がある方

 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

参考情報

ベクトル化利用方法
OpenMP/自動並列化利用方法
 

講習会資料

自動ベクトル化(pdf)
自動並列/OpenMP(pdf)
演習用資料(pdf)
 

2016.05.02

スーパーコンピュータ概要とスーパーコンピュータ利用入門

概要

サイバーメディアセンターのスパコンを使いながら、UNIXとスパコンの基礎知識や利用方法について学びます。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きですので、スパコンをこれから使ってみようと考えている方に、大変おすすめできる内容となっています。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
 

プログラム

6月10日(金)
13:30 - 14:30 スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介
14:45 - 16:00 UNIX入門
16:15 - 17:30 スパコンを使った演習
 

受講に当たってのご注意

講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
 

講習会資料

スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介(pdf)
スーパーコンピュータ利用入門(pdf)
大規模計算機システムの利用(pdf)

 

2016.04.18

スパコンに通じる並列プログラミングの基礎

概要

本講習会では、並列プログラミングについて、
まったくの初心者向けにその手法や考え方の基礎について紹介します。
 
また、大規模な並列計算が可能な大型計算機や
コンピュータシステムを扱うのに必要となる unix についても、
まったくの初心者でも困らないように簡単な概観を提示します。
こうした並列システム、並列プログラミングについてあまり触れたことはないが興味のある方、
その上で学習、研究をしようと考えている方はぜひご参加ください。
 

以下のような方におすすめです

 ・並列計算について興味はあるが、ハードウェアやソフトウェア技術について概要が
  わからないので、どこから始めたら良いかわからない学生、研究者
 ・Unixをさわったことがあるが、様子がよくわからず勝手がつかめなかった方
 ・慣れていないが、並列計算を用いて学習、研究をしようと考えている方
 

講習会資料

スパコンに通じる並列プログラミングの基礎(pdf)

 

2016.04.14

高分子材料系LAMMPS大規模計算の活用入門セミナー(第1回/全4回)

概要

LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
参加申し込みはこちらからお願いいたします。
 

日  程 : 第1回:2016年4月14日
第2回:2016年6月1日
第3回:7月開催予定
第4回:8月開催予定
場  所 : グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
定  員 : 15名程度 (下記(1)と(2)のバランスを考慮する。)
参加資格 : (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生

    相互的にスキルアップを目指す勉強会であるため、勉強会で課す宿題の実施が可能な方を優先させていただきます

(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者

主  催 : 大阪大学サイバーメディアセンター
jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」
協  力 : (一財)高度情報科学技術研究機構

 

内容

第1回 4月14日(木)
10:00~12:00 事前準備(予習的な利用)
・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール(コンパイル)する。
・可視化ソフトのVMDもインストールする。
13:00~14:00 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介
(短い1本鎖の例とした、ハンズオンセミナー)
14:15~15:15 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算
(初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等)
15:30~16:00 多数本の高分子のシミュレーション(replicateとdeform)
16:15~17:15 Winmostarを利用した全原子模型のMD計算(ガラス転移温度の評価)
17:15~17:30 宿題と割り当て
第2回 6月1日(水)
10:00~12:00 宿題の実施内容の発表(+ディスカッション)
13:00~13:30 LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門
(バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど)
13:30~14:15 VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算(実習付)
14:30~15:15 AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化
15:30~16:15 VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化
16:15~17:15 うめきたのVR可視化装置の利用
第3回 7月開催予定
10:30~11:15 LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針
11:15~12:00 上記の実習
13:00~14:00 プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務(座学)
14:15~15:45 実習
16:00~17:00 各システムでの評価検討の宿題と割り当て
第4回 8月開催予定
10:30~12:00 各システムでの評価検討の相互レビュー
13:00~ 大規模並列分散データ解析などの講演や実習
2016.03.25

Cyber HPC Symposium 2016

本シンポジウムは開催終了いたしました。大変多くの方にご出席いただき、大盛況のシンポジウムとなりましたことを心よりお礼申し上げます。
(参加者数:76名 うち外国人:1名)
 
 

概要

開催日:2016年3月25日 9:30 - 18:00 (受付開始 9:00)
会 場:大阪大学サイバーメディアセンター本館(吹田キャンパス)
    サイバーメディアコモンズ
参加費:無料
主 催:大阪大学 サイバーメディアセンター
協 賛:学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点

 

ねらい

本年度のシンポジウムでは、大規模計算・可視化に携わる産学の専門家をお迎えし、本センターの大規模計算機システム・可視化システムの利活用事例、および最新の研究開発動向を踏まえつつ、高性能計算を進展させる可視化と大規模可視化技術を支える高性能計算をテーマに考えます。
参加を希望される方は、ページ下部のウェブ申し込みフォームから直接お申込みくださいませ。

プログラム

09:30-09:40 挨拶
下條真司 大阪大学
サイバーメディアセンター センター長・教授
09:40-10:30 基調講演
HPCと可視化
陰山 聡 神戸大学
大学院システム情報学研究科 計算科学専攻 教授
10:30-10:50 休憩
10:50-11:30 「流体と構造物の連成解析および粒子混相乱流の可視化事例」
竹内 伸太郎 大阪大学
大学院工学研究科 機械工学専攻 准教授
11:30-12:00 サイバーメディアセンターの可視化事業について
安福 健祐 大阪大学
サイバーメディアセンター サイバーコミュニティ研究部門 講師
12:00-13:30 昼食休憩
13:30-14:10 招待講演
「大規模データ解析におけるディープラーニング活用とGPUによる可視化技術のご紹介」(資料1)(資料2)
井崎 武士 エヌビディア合同会社
エンタープライズビジネス事業部 シニアマネージャー
岩田 茂人 エヌビディア合同会社
エンタープライズビジネス事業部 シニアマネージャー
14:10-14:50 大規模可視化とHPCの活用で促進させる高分子ナノ複合材料研究
萩田 克美 防衛大学校
応用科学群 応用物理学科 講師
14:50-15:30 G空間防災情報におけるスーパーコンピュータの活用
–リアルタイム津波シミュレーション–
撫佐 昭裕 日本電気株式会社
第一官公ソリューション事業部 事業部長代理
15:30-16:15 休憩(24面大型立体表示システムのデモあり)
16:15-17:45 パネルディスカッション
「HPCのための可視化、可視化のためのHPC」
座長 清川 清 大阪大学
サイバーメディアセンター 情報メディア教育研究部門 准教授
パネリスト 荻野 正雄 名古屋大学
情報基盤センター 大規模計算支援環境研究部門 准教授
坂本 尚久 神戸大学
大学院システム情報学研究科 計算科学専攻 講師
野崎 一徳 大阪大学
歯学部附属病院 助教
松岡 大祐 海洋研究開発機構
地球情報基盤センター 先端情報研究開発部 技術研究員
朝倉 博紀 日本SGI株式会社
テクニカルサービス統括本部 担当シニア・マネージャ
18:00- レセプション
場所:銀杏クラブ(銀杏会館内) 会費:2500円
▼銀杏会館の場所 吹田キャンパスマップ 11番
吹田キャンパスマップ[pdf]

 

ご講演資料

 

公開資料

2016.03.06

大阪大学 うめきた 高分子系可視化ワークショップ

概要

開催日: 2016年3月6日 14:00 - 17:00
会 場: グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA
主 催: 大阪大学 サイバーメディアセンター
jh150002-NA01「大規模データ系のVR可視化解析を効率化する多階層精度圧縮数値記録(JHPCN-DF)の実用化研究」

スケジュール

14:00-14:05 開催挨拶・趣旨説明
    萩田 克美(jh150002-NA01課題代表者 防衛大学校)
14:05-14:10 大阪大学サイバーメディアセンターからの挨拶
    下條 真司(大阪大学 サイバーメディアセンター センター長・教授)
14:10-14:40 「阪大可視化装置と可視化サービスの紹介とVR4MAXのデモ」
    安福 健祐(大阪大学 サイバーメディアセンター)
14:40-15:00 「高分子シミュレーション研究者のEasyVR活用策」
    勅使河原 良平(株式会社 フィアラックス)
15:50-15:15 「OCTA/gourmetとAVS/Expressを利用した3d VR可視化の利用説明(デモ付)」
    萩田 克美(jh150002-NA01課題代表者 防衛大学校)
15:15-15:45 「OCTA持ち込みデータの3d VR可視化トライアル」
15:45-16:00 休憩
16:00-16:55 「AVS/Express持ち込みデータの3d VR可視化トライアル」
16:55-17:00 閉会

 

お問い合わせ先

大阪大学 サイバーメディアセンター 可視化システム担当

    vis-polymer-workshop@hpc.cmc.osaka-u.ac.jp
2015.12.01

AXIES 2015

概要

大阪大学サイバーメディアセンターでは、国内の学術機関との連携により、情報通信(ICT)技術を応用した高等教育に向けた取り組み・研究、ならびに、高等教育のグローバル化に対応した取り組み・研究の成果報告・情報共有することを目的とし、大学ICT推進協議会(AXIES)が毎年主催する年次大会において研究発表、研究展示を行っています。
 

発表内容

2015年度の年次大会では、企画セッション「HPCテクノロジー」において、
下記3件の本センター所属の教職員が関係した研究発表を行いました。
(1) 大規模計算機ユーザ管理システムの改善と運用
(2) 大型可視化装置における可視化事業の事例について
(3) HPCにおけるビッグデータポスト処理環境実現のためのデータ伝送実験 京都大学-情報通信研究機構間
 

セッション: 1I1 HPCテクノロジー(1)
日時:12月2日(水) 10:00-11:30
発表:大規模計算機ユーザ管理システムの改善と運用
著者:寺前 勇希(大阪大学), 木越 信一郎(大阪大学)
掲載:大学ICT推進協議会 2015年度年次大会 論文集,TBA
発表資料 投稿論文
 

セッション: 1I3 HPCテクノロジー(2)
日時:12月2日(水) 13:00-14:30
発表:HPCにおけるビッグデータポスト処理環境実現のためのデータ伝送実験 京都大学-情報通信研究機構間
著者:村田 健史(情報通信研究機構), 山本 和憲(情報通信研究機構), 長屋 嘉明(情報通信研究機構), 深沢 圭一郎(京都大学), 伊達 進(大阪大学), 木戸 善之(大阪大学), 荻野 正雄(名古屋大学), 南里 豪志(九州大学), 建部 修見(筑波大学), 木村 映善(愛媛大学)
掲載:大学ICT推進協議会 2015年度年次大会 論文集,TBA
 

セッション: 1I4 HPCテクノロジー(3)
日時:12月2日(水) 14:45-16:15
発表:大型可視化装置における可視化事業の事例について
著者:東野 秋二(大阪大学), 木戸 善之(大阪大学), 安福 健祐(大阪大学), 伊達 進(大阪大学), 清川 清(大阪大学), 下條 真司(大阪大学), 竹村 治雄(大阪大学)
掲載:大学ICT推進協議会 2015年度年次大会 論文集,TBA
発表資料 投稿論文
 

関連情報

大阪大学 AXIESのWEBサイト
AXIES WEBサイト
 

2015.11.15

SC15

2015年11月15日-20日の会期で米国テキサス州オースティンで開催される国際会議・国際展示会SC15において、サイバーメディアセンターの研究ブース出展を行います。
サイバーメディアセンター出展の詳細はこちらからご覧頂けます。
 

概要

大阪大学サイバーメディアセンターでは、わが国および欧米諸国の研究機関、大学、企業に対して、本センターでの研究成果の報告、利用促進を主目的とし、毎年11月に米国で開催される高性能計算、ネットワーク、ストレージ、解析技術に関する国際会議・展示会 SC(Super Computing) に2000年より研究展示ブースを出展しています。
 
※SC: The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis の通称。IEEE Computer SocietyおよびACMSIGARCHが主催する、高性能計算、ネットワーク、ストレージ、解析技術をテーマとした最高峰の国際会議および最大級の展示会。
 

関連情報

参加方法等についてはSC15のWEBサイトをご覧ください。
 

2015.10.21

第2回SX-ACE 特別マルチノードプログラミング相談会

概要

本センターでは、昨年度成果報告を提出頂きました利用者様から、マルチノード化により、さらなる研究成果が見込まれると思われる利用者様を中心に、特別相談会の案内を送付しております。
  
本相談会では、SX-ACE導入業者である日本電気株式会社よりチューニングのエキスパートを招き、利用者様方へのプログラムへの分析や最適化のアドバイスを実施いたします。SX-ACEでより高精度かつ高速な計算を実現するための有意義なご提案ができればと考えております。
 

内容

・SX-ACEの利用方法、チューニング方法の解説
・利用者様のプログラム最適化、アドバイス
・HPCIやJHPCNへの申請アドバイス
 ※プログラムは事前にお預かりすることにより、より有益なアドバイスを提供可能です。
 

2015.08.17

SupercomputingContest2015

SupercomputingContest2015を2015年8月17日-21日に開催します。
 

開催スケジュール

予選課題発表  :6月1日(月)正午発表予定
参加申し込み締切:6月19日(金)正午必着
本戦      :8月17日(月) - 8月21日(金)
 

概要

SupercomputingContestは、スーパーコンピュータを駆使した高校生のプログラミング大会です。
予選を通過した10組のチーム(1チーム2~3名)が大阪大学、東京工業大学の会場に分かれ、スーパーコンピュータを使ったプログラミングを行います。数日間かけて本選課題の問題を解くプログラムを作成し、作成最終日に提出されたプログラムの正確さ・速度を審査委員会が評価し、コンテスト最終日の成果報告会で発表します。本選課題には、科学技術の様々な分野から最先端の話題が選ばれ、それを高校生にもわかりやすい問題にして、皆さんに挑戦してもらいます。
 

詳細

参加方法やコンテストの詳細については公式WEBサイトをご覧ください。
 

2015.07.13

平成27年度 SX-ACE 特別マルチノードプログラミング相談会

概要

本センターでは、昨年度成果報告を提出頂きました利用者様から、マルチノード化により、さらなる研究成果が見込まれると思われる利用者様を中心に、特別相談会の案内を送付しております。
  
本相談会では、SX-ACE導入業者である日本電気株式会社よりチューニングのエキスパートを招き、利用者様方へのプログラムへの分析や最適化のアドバイスを実施いたします。SX-ACEでより高精度かつ高速な計算を実現するための有意義なご提案ができればと考えております。
 

内容

・SX-ACEの利用方法、チューニング方法の解説
・利用者様のプログラム最適化、アドバイス
・HPCIやJHPCNへの申請アドバイス
 ※プログラムは事前にお預かりすることにより、より有益なアドバイスを提供可能です。
 

配布資料

新スーパーコンピュータにおける 高速化技法の基礎(pdf)
 

2015.07.09

学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 (JHPCN) 第7回シンポジウム

「学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点」は,北海道大学,東北大学,東京大学,東京工業大学,名古屋大学,京都大学,大阪大学,九州大学にそれぞれ附置するスーパーコンピュータを持つ8つの施設を構成拠点とし,東京大学情報基盤センターがその中核拠点として機能する「ネットワーク型」共同利用・共同研究拠点です。文部科学大臣の認定を受け,平成22年4月より本格的に活動を開始しました。
 
この度,下記の通り,学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN) 第7回シンポジウムを開催致します。当シンポジウムでは,平成26年度に実施された共同研究課題34件の研究成果を口頭発表で報告し,平成27年度に採択された課題35件の研究内容をポスターセッションで紹介いたします。
 
多くの皆様のご参加をお待ちしております。
 

第7回シンポジウム

■日 時 :2015年7月9日(木) 10:10〜18:20(懇親会:18:30〜),10日(金) 10:00〜16:55
■場 所 :THE GRAND HALL(品川)
      〒108-0075 東京都港区港南2-16-4 品川グランドセントラルタワー 3F
■定 員 :250名
■参加費用:シンポジウム参加無料(事前登録をお願いします)
      懇親会3,500円(当日、受付で現金にて申し受けます)
■申込方法:下記のページからお申込みください。
      第7回シンポジウム WEBページ
■申込〆切:2015年7月3日(金) 17:00
 
■主 催:学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点
     - 北海道大学 情報基盤センター
     - 東北大学 サイバーサイエンスセンター
     - 東京大学 情報基盤センター
     - 東京工業大学 学術国際情報センター
     - 名古屋大学 情報基盤センター
     - 京都大学 学術情報メディアセンター
     - 大阪大学 サイバーメディアセンター
     - 九州大学 情報基盤研究開発センター
 

プログラム

第7回シンポジウム WEBページをご覧ください。
 

問い合わせ先

JHPCN拠点事務局 jhpcn@itc.u-tokyo.ac.jp
 

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