本講習会は東北大学サイバーサイエンスセンターからの映像配信による講習会となります
非経験的分子軌道計算プログラムとして広く使用されている
ソフトウェア「Gaussian」の入門講座として、基本的な使い方から紹介します。
「Gaussian」は大阪大学サイバーメディアセンターでもサービス提供しており、
これから利用してみたい、という方にお勧めの内容となっております。
受講に当たっては、以下の点にご注意ください。
１．講習内容は、東北大学の講習会をＴＶ会議システムを
使用して受信するという形になりますので、
システムの違いや制約が あることを予めご了承願います。
２．大阪大学では実習は行いません。
東北大学では15:00～17:00で実習を行いますが、
大阪大学では15:00で講習会配信を終了します。
３．ネットワークや機材等の不調により、当日においても中止する場合がありますので、
予めご了承願います。
本プログラムでは、皆様方が研究室で開発・利用されている、お手持ちのプログラムを本センターで預かり、本センターの大規模計算機での利用ができるよう支援します(*)。これにより、本センター大規模計算機システムを今後利用していただけることが見込まれるプログラムを募集いたします。
ご興味・ご関心のあります方は是非ご応募ください。
(*)プログラムの大幅な変更が必要になる場合においては、一部のサポートとなります。
| 氏名 | 所属 |
|---|---|
| 荻野 陽輔 様 | 大阪大学 工学研究科 |
| 松尾 一輝 様 | 大阪大学 レーザー科学研究所 |
| 募集期間 | 平成29年8月10日-30日 |
| 応募資格 | 本センター 大規模計算機システムの利用を検討している方 |
| 対象プログラム数 | 若干数 |
| 応募方法 | 下記のWebフォームよりお申込みください。追って担当者よりご連絡いたします。 |
※受付は終了しました。本プログラムは試行サービスでありますため、次回の開催は未定です。
本プログラムでは、お手持ちのプログラム（非商用）を本センターで預かり、大規模計算機に対する最適化および並列化を行います。最適化、並列化することにより、本センター大規模計算機システムを最大限利活用することが見込まれるプログラムを募集いたします。
ご興味・ご関心のあります方は是非ご応募ください。
| 氏名 | 所属 |
|---|---|
| 鈴木 恒雄 様 | 金沢大学 自然科学研究科 |
| 塚原 隆裕 様 | 東京理科大学 理工学部 機械工学科 |
| 若山 将征 様 | 理化学研究所 |
この度、大阪大学サイバーメディアセンター（CMC）および日本電気株式会社（NEC）のご厚意・ご尽力により、流体力学研究で用いる直接数値計算（DNS）コードの高効率なMPI化を実現することができた。当該DNSは、固体壁に挟まれた流れが起こす乱流遷移のプロセス・メカニズムを解明することを目的としており、遷移中に観察される局在乱流の大規模パターン形成を十分に捉えるために非常に大規模な計算となる。乱流遷移は一世紀以上続く古典的な問題であるが、発達の目覚ましい大型計算機の恩恵により実験困難な流路サイズで流れのシミュレーションが可能となってきており、乱流解明の更なるブレイクスルーが期待されている。この度の高効率なMPI-DNS計算により、乱流遷移に潜む臨界現象の普遍性を遂に見出せるものと考えている。当該チューニングに際して、プログラム上の誤り修正、効率的なFFT処理法の提案、より大規模な計算を見据えたMPI化、細やかなコメント追加まで施して頂いた。これらは今後のコード最適化を行う上での重要であり、並列計算機の活用が一層進むであろう。重ねて、CMCとNECにお礼を申し上げたい。
(東京理科大 塚原様)
全体の実行時間に対して、Bank Conflict の時間が大きな割合を占めていることが気になっていました。今回のチューニングプログラムでBank Conflict の時間に対する改善点をご指摘いただき、全体で約1.2倍の高速化が実現できたことを嬉しく思います。
(理化学研究所 若山様)
| 募集期間 | 平成29年8月10日-30日 |
| 応募資格 | 本センター 大規模計算機システムのユーザ |
| 対象プログラム数 | 若干数 |
| 応募方法 | 下記のWebフォームよりお申込みください。追って担当者よりご連絡いたします。 |
※本プログラムは試行サービスでありますため、次回の開催は未定です。
「学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN)」は，北海道大学，東北大学，東京大学，東京工業大学，名古屋大学，京都大学，大阪大学，九州大学にそれぞれ附置するスーパーコンピュータを持つ８つの施設を構成拠点とし，東京大学情報基盤センターがその中核拠点として機能する「ネットワーク型」共同利用・共同研究拠点です。文部科学大臣の認定を受け，平成22年4月より活動を行っています。
この度，下記の通り，学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN)第9回シンポジウムを開催致します。
当シンポジウムでは，平成28年度に実施された共同研究課題39件の研究成果を口頭発表で報告し，平成29年度に採択された共同研究課題46件の研究内容をポスターセッションで紹介いたします。あわせて、平成28年度および平成29年度に採択された萌芽型共同研究課題から27件のポスター発表があります。
多くの皆様のご参加をお待ちしております。
■日 時 ：2016年7月13日(木) 10:00 - 18:30 (懇親会：18:30 - 20:00), 14日(金) 10:00 - 17:30
■場 所 ：THE GRAND HALL（品川）
〒108-0075 東京都港区港南2-16-4 品川グランドセントラルタワー 3F
■定 員 ：250名
■参加費用：シンポジウム参加無料（事前登録をお願いします）
懇親会4,000円（当日、受付で現金にて申し受けます）
■申込方法：下記のページからお申込みください。
第9回シンポジウム WEBページ
■申込〆切：2017年7月4日(火) 17:00
■主 催：学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点
- 北海道大学 情報基盤センター
- 東北大学 サイバーサイエンスセンター
- 東京大学 情報基盤センター
- 東京工業大学 学術国際情報センター
- 名古屋大学 情報基盤センター
- 京都大学 学術情報メディアセンター
- 大阪大学 サイバーメディアセンター
- 九州大学 情報基盤研究開発センター
第9回シンポジウム WEBページをご覧ください。
JHPCN拠点事務局 jhpcn@itc.u-tokyo.ac.jp
本講習会ではHPFを用いて指示行の追加のみでスーパーコンピュータ(SX)で動作する分散並列プログラムを作成する方法の基礎を説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
HPF(High Performance Fortran)は、Fortranの分散メモリ型並列計算機向け拡張仕様です。
Fortranプログラムに対してコメント形式の指示行を挿入することで、分散並列化が行えるため、
MPIに比べ習得が容易です。
サイバーメディアセンターで運用しているSX-ACEで、HPFを利用することが可能です。
※SX以外の計算機では利用環境がありませんのでご注意ください。
・大規模並列化について興味があるが、簡易に大規模並列化を行いたい方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
本講習会では一般的なMPIによる並列プログラミングの基礎と利用をFortran を用いて実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
MPIとは、分散メモリ並列処理におけるメッセージパッシング(複数のプロセス間でデータをやり取りするために用いるメッセージ通信操作)の標準規格のことです。
ノード間をまたがる並列化が可能となるため、その分大きなメモリ空間が利用可能になります。ただし、ユーザ自身で処理の分割やノード間の通信を指示する必要があるため、プログラミングの負担がやや大きくなります。
SX-ACEを利用する場合、MPIより簡易なノード間並列手法として「HPF」を用意しております。講習会はこちらからお申込みください。
・大規模並列化について興味がある方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)(pdf)
SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)演習補足資料(pdf)
本講習会では、並列コンピュータ（VCC,HCC）で動作するプログラムの高速化を目的とした最適化及び並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
本講習会では、スーパーコンピュータ（SX）で動作するプログラムの高速化を目的とし、最適化(ベクトル化)及びノード内並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
サイバーメディアセンターのスパコンを使いながら、UNIXとスパコンの基礎知識や利用方法について学びます。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きですので、スパコンをこれから使ってみようと考えている方に、大変おすすめできる内容となっています。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
6月13日(火)
13:30 - 14:30 スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介
14:45 - 16:00 UNIX入門
16:15 - 17:30 スパコンを使った演習
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介(pdf)
スーパーコンピュータ利用入門(pdf)
大規模計算機システムの利用(pdf)
本講習会では、並列プログラミングについて、
まったくの初心者向けにその手法や考え方の基礎について紹介します。
また、大規模な並列計算が可能な大型計算機や
コンピュータシステムを扱うのに必要となる Unix についても、
まったくの初心者でも困らないように簡単な概観を提示します。
こうした並列システム、並列プログラミングについてあまり触れたことはないが興味のある方、
その上で学習、研究をしようと考えている方はぜひご参加ください。
・並列計算について興味はあるが、ハードウェアやソフトウェア技術について概要が
わからないので、どこから始めたら良いかわからない学生、研究者
・Unixをさわったことがあるが、様子がよくわからず勝手がつかめなかった方
・慣れていないが、並列計算を用いて学習、研究をしようと考えている方
本プログラムでは、お手持ちのプログラム（非商用）を本センターで預かり、大規模計算機に対する最適化および並列化を行います。最適化、並列化することにより、本センター大規模計算機システムを最大限利活用することが見込まれるプログラムを募集いたします。
ご興味・ご関心のあります方は是非ご応募ください。
※受付は終了しました。多数のご応募ありがとうございました。
| 氏名 | 所属 |
|---|---|
| 石橋 春佳 様 | 大阪大学 大学院工学研究科 |
| 佐久間 悠人 様 | 東京工業大学 大学院総合理工学研究科 |
| 千徳 靖彦 様 | 大阪大学 レーザーエネルギー学研究センター |
| 坪井 伸幸 様 | 九州工業大学 大学院工学研究院 |
| 比江島 俊彦 様 | 大阪府立大学 学術情報センター |
| 吉田 尚史 様 | 信州大学 工学部 |
| 募集期間 | 平成29年1月19日-27日 |
| 応募資格本センター | 大規模計算機システムのユーザ |
| 対象プログラム数 | 若干数 |
| 応募方法 | 下記のWebフォームよりお申込みください。追って担当者よりご連絡いたします。 ※受付は終了しました。多数のご応募ありがとうございました。 |
本シンポジウムは開催終了いたしました。大変多くの方にご出席いただき、大盛況のシンポジウムとなりましたことを心よりお礼申し上げます。
（参加者数：98名）
開催日：2017年3月16日 9:30 - 17:45 (受付開始 9:00)
会 場：大阪大学サイバーメディアセンター本館（吹田キャンパス）
サイバーメディアコモンズ
参加費：無料
主 催：大阪大学 サイバーメディアセンター
共 催：大阪大学 データビリティフロンティア機構
協 賛：学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN)
本年度のシンポジウムでは、高性能計算・高性能データ分析に携わる産学の専門家をお迎えし、本センターの大規模計算機システム・可視化システムの利活用事例、および最新の研究開発動向を踏まえつつ、高性能計算および高性能データ分析を支える計算基盤をテーマに考えます。
参加を希望される方は、ページ下部のウェブ申し込みフォームから直接お申込みくださいませ。
| 09:30-09:40 | 挨拶 | ||
| 下條 真司 | 大阪大学 サイバーメディアセンター センター長・教授 |
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| 09:40-10:30 | 基調講演 「第4次産業革命を牽引するHPCとAIの融合基盤」 |
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| 関口 智嗣 | 産業技術総合研究所 情報・人間工学領域 領域長 |
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| 10:30-10:50 | 休憩 | ||
| 10:50-11:30 | 「人工知能と高性能コンピューティング」 | ||
| 松下 康之 | 大阪大学 大学院情報科学研究科 マルチメディア工学専攻 データビリティフロンティア機構 知能情報基盤部門 教授 |
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| 11:30-12:00 | 「全国共同利用大規模並列計算システムの概要」 | ||
| 伊達 進 | 大阪大学 サイバーメディアセンター 応用情報システム研究部門 准教授 |
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| 12:00-13:30 | 昼食 | ||
| 13:30-14:10 | 招待講演 「AIテクノロジーと将来への展望」 |
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| 根岸 史季 | インテル株式会社 データセンター・グループ・セールス アジアパシフィック・ジャパン HPC担当ディレクター |
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| 14:10-14:50 | 「塩分成層流体における乱流の大規模直接数値シミュレーション」 | ||
| 沖野 真也 | 京都大学 大学院工学研究科 機械理工学専攻 助教 |
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| 14:50-15:30 | 「Big Healthcare Data Analytics: Challenges and Applications」 | ||
| Chonho Lee | 大阪大学 サイバーメディアセンター 先進高性能計算機システムアーキテクチャ共同研究部門 特任准教授 |
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| 15:30-16:15 | 休憩(24面大型立体表示システムのデモあり) | ||
| 16:15-17:45 | パネルディスカッション 「HPC(High Performance Computing)とHPDA(High Performance Data Analysis)を支える計算基盤」 |
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| 座長 | 木戸 善之 | 大阪大学 サイバーメディアセンター 応用情報システム研究部門 講師 |
|
| パネリスト | 杉浦 敦 | 日本SGI株式会社 営業統括本部 ビジネスデベロップメント部 ジャパン・セールス・マネージャー |
|
| 中島 耕太 | 株式会社富士通研究所 コンピュータシステム研究所 データシステムプロジェクト 主管研究員 |
||
| 長友 英夫 | 大阪大学 レーザーエネルギー学研究センター レーザー核融合学研究部門 准教授 |
||
| 中村 良介 | 産業技術総合研究所 人工知能研究センター 地理情報科学研究チーム 研究チーム長 |
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| 細見 岳生 | 日本電気株式会社 システムプラットフォーム研究所 研究部長 |
||
| 18:00- | レセプション | ||
| 場所：銀杏クラブ（銀杏会館内） 会費：2500円 ▼銀杏会館の場所 吹田キャンパスマップ 11番 吹田キャンパスマップ[pdf] |
|||
・第4次産業革命を牽引するHPCとAIの融合基盤（産業技術総合研究所 関口 智嗣 様）
・塩分成層流体における乱流の大規模直接数値シミュレーション（京都大学 沖野 真也 様）
・Big Healthcare Data Analytics: Challenges and Applications（大阪大学 Chonho Lee）
開催日：2017年3月15日(水)14:00-17:00
会 場：大阪大学サイバーメディアセンター本館（吹田キャンパス）
サイバーメディアコモンズ
参加費：無料
| 14:00-14:05 | 挨拶 | |||
| 菊池 誠 | 大阪大学 サイバーメディアセンター 教授 |
|||
| [若手・女性研究者支援萌芽枠 セッション I] | ||||
| 14:05-14:35 | 「鼻咽腔閉鎖時における流路トポロジー変化が呼気に及ぼす影響」 | |||
| 野崎 一徳 | 大阪大学 歯学部附属病院 助教 |
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| 14:35-15:05 | 「キロテスラ級磁場下における超高強度レーザープラズマ相互作用の物理」 | |||
| 畑 昌育 | 大阪大学 レーザーエネルギー学研究センター 特任研究員 |
|||
| 15:05-15:15 | 休憩 | |||
| [大規模HPC支援枠] | ||||
| 15:15-15:45 | 「格子量子色力学を使った高密度物質の研究」 | |||
| 河野 宏明 | 佐賀大学 大学院工学系研究科 教授 |
|||
| 15:45-16:15 | 「初期宇宙における銀河形成と巨大ブラックホール形成」 | |||
| 長峯 健太郎 | 大阪大学 大学院理学研究科 教授 |
|||
| 16:15-16:30 | 休憩 | |||
| [若手・女性研究者支援萌芽枠 セッション II] | ||||
| 16:30-17:00 | 「固液界面における和周波発生分光スペクトルの第一原理シミュレーション」 | |||
| 大戸 達彦 | 大阪大学 大学院基礎工学研究科 助教 |
|||
※発表は25分、質疑は5分の予定です。
大阪大学サイバーメディアセンターでは、国内の学術機関との連携により、情報通信(ICT)技術を応用した高等教育に向けた取り組み・研究、ならびに、高等教育のグローバル化に対応した取り組み・研究の成果報告・情報共有することを目的とし、大学ICT推進協議会(AXIES)が毎年主催する年次大会において研究発表、研究展示を行っています。
2016年度の年次大会では、企画セッション「HPCテクノロジー」において、下記2件の本センター所属の教職員が関係した研究発表を行います。
(1) 多様化する計算要求に柔軟に対応できる計算基盤の実現に向けて
(2) タイルドディスプレイのためのタブレット端末を用いたシームレスな操作手法の開発
セッション: [FA1] HPCテクノロジーⅠ
日時：12月16日(金) 9:00-10:30
発表：多様化する計算要求に柔軟に対応できる計算基盤の実現に向けて
著者：伊達進（大阪大学）、吉川隆士（大阪大学）、高橋雅彦（NEC システムプラットフォーム研究所）、菅真樹（NEC システムプラットフォーム研究所）、渡場 康弘（奈良先端科学技術大学院大学）、Chonho Lee（大阪大学）、木戸善之（大阪大学）、下條真司（大阪大学）
セッション: [FA3] HPCテクノロジーⅢ
日時：12月16日(金) 13:30-15:00
発表：タイルドディスプレイのためのタブレット端末を用いたシームレスな操作手法の開発
著者：鈴木拓馬（大阪大学）、清川清（大阪大学）、竹村治雄（大阪大学）
掲載：大学ICT推進協議会 2015年度年次大会 論文集，TBA
九州大学 情報基盤研究開発センターにて、代表的なフリーソフトウェアである Julia とFreeFem++ の実習付きチュートリアルを開催します．(共催：大阪大学 サイバーメディアセンター)
参加をご希望の方は下記のページを御覧ください。
九州大学 情報基盤研究開発センターHP 案内ページ
※申込期限は，11月18日（金）となります。
| 13:00 - 14:10 | Julia 言語そのものについて入門的解説 |
| 14:25 - 15:35 | Julia 言語による数値解析 - 非線形偏微分方程式を例にして |
| 15:50 - 17:00 | Julia 言語による並列計算 |
| 10:00 - 11:00 | 偏微分方程式と弱形式 - Poisson 方程式，Navier-Stokes 方程式，静磁場方程式 |
| 11:15 - 12:15 | 弱形式から有限要素剛性行列へ - 疎行列と連立方程式，非線形反復のための Newton 法 |
| 13:45 - 14:45 | FreeFem++ 言語 - matrix, array, for loop, function |
| 15:00 - 17:00 | 3次元問題と実習 - Additive Schwarz 前処理による GMRES 法を用いた反復解法 |
2016年11月13日-18日の会期で米国ユタ州ソルトレイクシティで開催される国際会議・国際展示会SC16において、サイバーメディアセンターの研究ブース出展を行います。
サイバーメディアセンター出展の詳細はこちらからご覧頂けます。
大阪大学サイバーメディアセンターでは、わが国および欧米諸国の研究機関、大学、企業に対して、本センターでの研究成果の報告、利用促進を主目的とし、毎年11月に米国で開催される高性能計算、ネットワーク、ストレージ、解析技術に関する国際会議・展示会 SC(Super Computing) に2000年より研究展示ブースを出展しています。
※SC: The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis の通称。IEEE Computer SocietyおよびACMSIGARCHが主催する、高性能計算、ネットワーク、ストレージ、解析技術をテーマとした最高峰の国際会議および最大級の展示会。
本センターでは、昨年度成果報告を提出頂きました利用者様から、マルチノード化により、さらなる研究成果が見込まれると思われる利用者様を中心に、特別相談会の案内を送付しております。
本相談会では、SX-ACE導入業者である日本電気株式会社よりチューニングのエキスパートを招き、利用者様方へのプログラムへの分析や最適化のアドバイスを実施いたします。SX-ACEでより高精度かつ高速な計算を実現するための有意義なご提案ができればと考えております。
・SX-ACEの利用方法、チューニング方法の解説
・利用者様のプログラム最適化、アドバイス
・HPCIやJHPCNへの申請アドバイス
※プログラムは事前にお預かりすることにより、より有益なアドバイスを提供可能です。
LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第4回目は、LAMMPS のReaxFF オプションについて、将来のManyCore システムに向けた自前改造の検討について、既存プログラムへの最適化適用の考え方と実践的な対応の仕方について、講演する。なお、現時点では、LAMMPS でのReaxFF のOpenMP 最適化などは、実施されていない模様であり、大規模化に向けては何らかの対処が必要な状況である。
第4回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
| 日 程 : | 第1回：2016年4月14日 終了しました 第2回：2016年6月1日 終了しました 第3回：2016年7月13日 終了しました 第4回：2016年8月3日 終了しました |
| 場 所 : | グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA |
| 定 員 : | １５名程度 （下記(1)と(2)のバランスを考慮する。） |
| 参加資格 : | (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生
(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者 |
| 主 催 : | 大阪大学サイバーメディアセンター jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」 |
| 協 力 : | （一財）高度情報科学技術研究機構 |
| 第1回 4月14日(木) 終了しました | |
| 10:00～12:00 | 事前準備（予習的な利用） ・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール（コンパイル）する。 ・可視化ソフトのVMDもインストールする。 |
| 13:00～14:00 | 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介 （短い１本鎖の例とした、ハンズオンセミナー） |
| 14:15～15:15 | 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算 （初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等） |
| 15:30～16:00 | 多数本の高分子のシミュレーション（replicateとdeform） |
| 16:15～17:15 | Winmostarを利用した全原子模型のMD計算（ガラス転移温度の評価） |
| 17:15～17:30 | 宿題と割り当て |
| 第2回 6月1日(水) 終了しました | |
| 10:00～12:00 | 宿題の実施内容の発表（＋ディスカッション） |
| 13:00～13:30 | LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門 （バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど） |
| 13:30～14:15 | VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算（実習付） |
| 14:30～15:15 | AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化 |
| 15:30～16:15 | VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化 |
| 16:15～17:15 | うめきたのVR可視化装置の利用 |
| 第3回 7月13日(水) 終了しました | |
| 10:30～11:15 | LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針 |
| 11:15～12:00 | 上記の実習 |
| 13:00～14:00 | プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務（座学） |
| 14:15～15:45 | 実習 |
| 16:00～17:00 | 各システムでの評価検討の宿題と割り当て |
| 第4回 8月3日(水) 終了しました | |
| 11:00～11:40 | ReaxFF についての紹介 |
| 11:40～12:00 | 前回の復習（動作確認とプロファイル取得） |
| 12:00～13:30 | （昼食） |
| 13:30～14:15 | MD 計算などにおけるOpenMP によるManyCore 向けの並列対処の定石と、 OpenMP タスク並列による経過時間短縮法 |
| 14:15～15:00 | MPI/OpenMP の実習体験
|
| 15:00～15:15 | （休憩） |
| 15:15～16:00 | 対話型ミーティング： 各自、これまで３回のセミナーを受けてのLAMMPS 大規模計算等について |
| 16:00～16:45 | LAMMPS のReaxFF コードの最適化適用の試行的な実施 |
| 16:45～17:30 | HPCI や京の申請に向けた性能データ取得 （解説・支援） |
9/21 追記
開催会場が下記に変更となります。（建物は同じです）
サイバーメディアセンター本館 1階 サイバーメディアコモンズ
AVS/Expressは、流体、構造解析、医療といった様々な分野で利用される汎用可視化ソフトウェアです。
本講習会では、AVS/Expressの基本的な操作方法について解説します。
AVS/Expressに興味のある方
講習前に、ソフトウェアのインストールを行いますので、以下の条件を満たすノートPCをお持ちください。
推奨動作環境： CPU：1GHｚ以上 メモリ：256MB以上、グラフィック：OpenGLが動作可能、
インストールに必要なディスク容量：600MB
インストールしたソフトウェアは、受講後もご利用頂けます。
9/21 追記
開催会場が下記に変更となります。（建物は同じです）
サイバーメディアセンター本館 1階 サイバーメディアコモンズ
AVS/Expressは、流体、構造解析、医療といった様々な分野で利用される汎用可視化ソフトウェアです。
本講習会では、AVS/Expressの基本的な操作方法について解説します。
AVS/Expressに興味のある方
講習前に、ソフトウェアのインストールを行いますので、以下の条件を満たすノートPCをお持ちください。
推奨動作環境： CPU：1GHｚ以上 メモリ：256MB以上、グラフィック：OpenGLが動作可能、
インストールに必要なディスク容量：600MB
インストールしたソフトウェアは、受講後もご利用頂けます。
LAMMPSは、米国を中心に、高分子材料系のMDの標準的なソルバーであり、「京」産業利用での利用数も多い。阪大では、LAMMPSのGPU版CPU版をVCCクラスターの導入済みアプリとしHPC支援し始めた。本勉強会では、広く産業界を含めた研究者を対象に、LAMMPSでの大規模計算に関するスキルの相互的向上を目的としている。さらに、計算機科学の研究者・技術者の参加を促し、手元のPCレベルから、「京」HPCIスパコンや商用クラウドを用いた超大規模計算をenableにし、研究と計算をaccelerateする。
第3回の参加申し込みはこちらからお願いいたします。
| 日 程 : | 第1回：2016年4月14日 終了しました 第2回：2016年6月1日 終了しました 第3回：2016年7月13日 第4回：8月開催予定 |
| 場 所 : | グランフロント大阪 タワーC 9F VisLab OSAKA |
| 定 員 : | １５名程度 （下記(1)と(2)のバランスを考慮する。） |
| 参加資格 : | (1) 高分子材料を研究開発する企業研究者、若手研究者、大学院生
(2) 大規模計算技術の計算機科学に関わる研究者・技術者 |
| 主 催 : | 大阪大学サイバーメディアセンター jh160036 「高分子材料系の粗視化MDの次世代大規模HPC利用の基盤的研究」 |
| 協 力 : | （一財）高度情報科学技術研究機構 |
| 第1回 4月14日(木) 終了しました | |
| 10:00～12:00 | 事前準備（予習的な利用） ・ノートパソコンに、LAMMPSをインストール（コンパイル）する。 ・可視化ソフトのVMDもインストールする。 |
| 13:00～14:00 | 高分子物理学研究のためのLAMMPS紹介 （短い１本鎖の例とした、ハンズオンセミナー） |
| 14:15～15:15 | 1本の高分子鎖の、Kremer-Grest模型による統計物理計算 （初期配置を自分で作成し慣性半径のN依存性を調べる等） |
| 15:30～16:00 | 多数本の高分子のシミュレーション（replicateとdeform） |
| 16:15～17:15 | Winmostarを利用した全原子模型のMD計算（ガラス転移温度の評価） |
| 17:15～17:30 | 宿題と割り当て |
| 第2回 6月1日(水) 終了しました | |
| 10:00～12:00 | 宿題の実施内容の発表（＋ディスカッション） |
| 13:00～13:30 | LAMMPS素人ユーザー向けのお手軽「京」利用入門 （バッチシステムの仕組みと、ジョブ実行のコツなど） |
| 13:30～14:15 | VCCクラスターを利用したLAMMPSのGPU計算・MPI並列計算（実習付） |
| 14:30～15:15 | AVS/Expressを利用したLAMMPSデータのVR可視化 |
| 15:30～16:15 | VMD,OCTA/gourmetを利用したVR可視化 |
| 16:15～17:15 | うめきたのVR可視化装置の利用 |
| 第3回 7月13日(水) | |
| 10:30～11:15 | LAMMPSの大規模並列計算用パラメータ最適化方針 |
| 11:15～12:00 | 上記の実習 |
| 13:00～14:00 | プロファイラ等を利用したベンチマーク評価の実務（座学） |
| 14:15～15:45 | 実習 |
| 16:00～17:00 | 各システムでの評価検討の宿題と割り当て |
| 第4回 8月開催予定 | |
| 10:30～12:00 | 各システムでの評価検討の相互レビュー |
| 13:00～ | 大規模並列分散データ解析などの講演や実習 |
本講習会ではHPFを用いて指示行の追加のみでスーパーコンピュータ(SX)で動作する分散並列プログラムを作成する方法の基礎を説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
HPF(High Performance Fortran)は、Fortranの分散メモリ型並列計算機向け拡張仕様です。
Fortranプログラムに対してコメント形式の指示行を挿入することで、分散並列化が行えるため、
MPIに比べ習得が容易です。
サイバーメディアセンターで運用しているSX-ACEで、HPFを利用することが可能です。
※SX以外の計算機では利用環境がありませんのでご注意ください。
・大規模並列化について興味があるが、簡易に大規模並列化を行いたい方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
本講習会では一般的なMPIによる並列プログラミングの基礎と利用をFortran を用いて実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
MPIとは、分散メモリ並列処理におけるメッセージパッシング(複数のプロセス間でデータをやり取りするために用いるメッセージ通信操作)の標準規格のことです。
ノード間をまたがる並列化が可能となるため、その分大きなメモリ空間が利用可能になります。ただし、ユーザ自身で処理の分割やノード間の通信を指示する必要があるため、プログラミングの負担がやや大きくなります。
SX-ACEを利用する場合、MPIより簡易なノード間並列手法として「HPF」を用意しております。講習会はこちらからお申込みください。
・大規模並列化について興味がある方
・Unix の基礎的な知識(エディタが使える等)がある方
・C, Fortran によるプログラム経験がある方
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
MPI利用方法(SX-ACE)
HPF利用方法(SX-ACE)
SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)(pdf)
SX-ACE並列プログラミング入門(MPI)演習補足資料(pdf)
本講習会では、並列コンピュータ（VCC,HCC）で動作するプログラムの高速化を目的とした最適化及び並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
本講習会では、スーパーコンピュータ（SX）で動作するプログラムの高速化を目的とし、最適化(ベクトル化)及びノード内並列化の基礎を実習により説明します。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きです。
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
SX-ACE高速化技法の基礎(自動ベクトル化)(pdf)
SX-ACE高速化技法の基礎(自動並列/OpenMP)(pdf)
SX-ACE高速化技法の基礎(演習用資料)(pdf)
サイバーメディアセンターのスパコンを使いながら、UNIXとスパコンの基礎知識や利用方法について学びます。
スーパーコンピュータを1週間自由に使える「無料お試しアカウント」付きですので、スパコンをこれから使ってみようと考えている方に、大変おすすめできる内容となっています。
大学や高等専門学校の教員・学生であれば、誰でも受講は可能となっておりますので、お気軽にご参加いただければと思います。
9月6日
13:30 - 14:30 スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介
14:45 - 16:00 UNIX入門
16:15 - 17:30 スパコンを使った演習
講習会では実習を行いますので、ネットワークに接続可能なノートPCを必ずお持ちください。
また、ターミナルソフト(TeraTermなど)を使用しますので、あらかじめインストールをお願いいたします。
スパコンの概要とCMCのスパコンの紹介(pdf)
スーパーコンピュータ利用入門(pdf)
大規模計算機システムの利用(pdf)
本講習会では、並列プログラミングについて、まったくの初心者向けにその手法や考え方の基礎について紹介します。
また、大規模な並列計算が可能な大型計算機やコンピュータシステムを扱うのに必要となる unix についても、まったくの初心者でも困らないように簡単な概観を提示します。こうした並列システム、並列プログラミングについてあまり触れたことはないが興味のある方、その上で学習、研究をしようと考えている方はぜひご参加ください。
本講習会は東北大学サイバーサイエンスセンターからの映像配信による講習会となります
非経験的分子軌道計算プログラムとして広く使用されている
ソフトウェア「Gaussian」の入門講座として、基本的な使い方から紹介します。
「Gaussian」は大阪大学サイバーメディアセンターでもサービス提供しており、
これから利用してみたい、という方にお勧めの内容となっております。
受講に当たっては、以下の点にご注意ください。
１．講習内容は、東北大学の講習会をＴＶ会議システムを
使用して受信するという形になりますので、
システムの違いや制約が あることを予めご了承願います。
２．大阪大学では実習は行いません。
東北大学では15:00～17:00で実習を行いますが、
大阪大学では15:00で講習会配信を終了します。
３．ネットワークや機材等の不調により、当日においても中止する場合がありますので、
予めご了承願います。
SupercomputingContest2017を2017年8月22日-26日に開催します。
予選課題発表 ：2016年6月1日(水) 正午 発表予定
参加申し込み締切：2016年6月17日(金) 正午必着
本戦 ：2016年8月22日(月) - 8月26日(金)
SupercomputingContestは、スーパーコンピュータを駆使した高校生のプログラミング大会です。
予選を通過した10組のチーム（1チーム2～3名）が大阪大学、東京工業大学の会場に分かれ、スーパーコンピュータを使ったプログラミングを行います。数日間かけて本選課題の問題を解くプログラムを作成し、作成最終日に提出されたプログラムの正確さ・速度を審査委員会が評価し、コンテスト最終日の成果報告会で発表します。本選課題には、科学技術の様々な分野から最先端の話題が選ばれ、それを高校生にもわかりやすい問題にして、皆さんに挑戦してもらいます。
参加方法やコンテストの詳細については公式WEBサイトをご覧ください。
「学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN)」は，北海道大学，東北大学，東京大学，東京工業大学，名古屋大学，京都大学，大阪大学，九州大学にそれぞれ附置するスーパーコンピュータを持つ８つの施設を構成拠点とし，東京大学情報基盤センターがその中核拠点として機能する「ネットワーク型」共同利用・共同研究拠点です。文部科学大臣の認定を受け，平成22年4月より活動を行っています。
この度，下記の通り，学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN) 第8回シンポジウムを開催致します。
当シンポジウムでは，平成27年度に実施された共同研究課題35件の研究成果を口頭発表で報告し，平成28年度に採択された共同研究課題39件の研究内容および萌芽課題の研究内容をポスターセッションで紹介いたします。
多くの皆様のご参加をお待ちしております。
■日 時 ：2016年7月14日(木) 10:00 - 18:30 (懇親会：18:30- ), 15日(金) 10:00 - 16:40
■場 所 ：THE GRAND HALL（品川）
〒108-0075 東京都港区港南2-16-4 品川グランドセントラルタワー 3F
■定 員 ：250名
■参加費用：シンポジウム参加無料（事前登録をお願いします）
懇親会4,000円（当日、受付で現金にて申し受けます）
■申込方法：下記のページからお申込みください。
第8回シンポジウム WEBページ
■申込〆切：2016年7月5日(火) 17:00
■主 催：学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点
- 北海道大学 情報基盤センター
- 東北大学 サイバーサイエンスセンター
- 東京大学 情報基盤センター
- 東京工業大学 学術国際情報センター
- 名古屋大学 情報基盤センター
- 京都大学 学術情報メディアセンター
- 大阪大学 サイバーメディアセンター
- 九州大学 情報基盤研究開発センター
第8回シンポジウム WEBページをご覧ください。
JHPCN拠点事務局 jhpcn@itc.u-tokyo.ac.jp
