利用負担金を分割して、複数の費目で支払うことは可能ですか?

はい。可能です。
WEBフォームでは、支払情報を複数入力することができますので、費目情報と支払金額を入力してください。
 
利用申請の詳細は、以下のページをご参照ください。
利用申請