2021.11.08
ご自身でインストールすることで、利用可能です。手順は以下のとおりです。
python venvを使用する
インストール手順
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# Python+GPUのEnvironmental modulesを設定する module load BasePy module --force switch python3/3.6 python3/3.6.GPU module load BaseGPU module load cudnn/8.2.0.53 #Pytorchをインストールする仮想環境 test-envを作成し、Activateする python3 -m venv /sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/test-env/ source /sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/test-env/bin/activate # SQUIDのGPUノード(A100)に対応するCUDA11.1 + Pytorchをインストール pip install torch==1.8.0+cu111 torchvision==0.9.0+cu111 torchaudio==0.8.0 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html |
利用手順(ジョブスクリプト例)
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS --group=(グループ名) #PBS -l elapstim_req=1:00:00,gpunum_job=8 cd $PBS_O_WORKDIR module load BasePy module --force switch python3/3.6 python3/3.6.GPU module load BaseGPU module load cudnn/8.2.0.53 source /sqfs/work/【グループ名】/【ユーザ名】/test-env/bin/activate python test.py |
mini-forgeを使用する
まず以下のページを参考にminiforgeをインストールしてください。
miniforgeのインストール・使い方(SQUID)
次に、以下を参考にPytorchをインストールしてください
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# miniforge仮想環境の作成準備 conda config --add envs_dirs /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_env conda config --add pkgs_dirs /sqfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_pkg #Pytorchをインストールする仮想環境 test-envを作成し、Activateする conda create --name test-env python=3.8 conda activate test-env # SQUIDのGPUノード(A100)に対応するCUDA11.1 + Pytorchをインストール conda install pytorch==1.8.0 torchvision==0.9.0 torchaudio==0.8.0 cudatoolkit=11.1 -c pytorch -c conda-forge |
1ノードでの利用手順(ジョブスクリプト例)
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS --group=(グループ名) #PBS -l elapstim_req=1:00:00,gpunum_job=8 cd $PBS_O_WORKDIR conda activate test-env python test.py |
2ノードでの利用手順(ジョブスクリプト例)
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#!/bin/bash #PBS -q SQUID #PBS --group=(グループ名) #PBS -b 2 #PBS -l gpunum_job=8 #PBS -l elapstim_req=01:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR source ~/.bashrc conda activate test-env echo "===================" MASTER_NODE=`head -1 ${PBS_NODEFILE}` USE_PORT=12321 HOSTNAME=`hostname -s` echo "-------------------" echo "HOSTNAME =[${HOSTNAME}] MASTER_NODE=[${MASTER_NODE}] USE_PORT=[${USE_PORT}]" echo "===================" python -m torch.distributed.launch --nnodes=2 --nproc-per-node=8 --rdzv-id=100 --rdzv-backend=c10d --rdzv-endpoint=${MASTER_NODE}:${USE_PORT} test.py |
2019.11.25
OCTOPUSには以下のGnuplotがインストールされています。
・4.6 (デフォルト)
・5.2.4 (/octfs/apl/Gnuplot/5.2.4)
Octaveから呼び出されるGnuplotのバージョンは、以下の２通りの方法で指定が可能です。
・呼び出したいバージョンのパスを設定する
下記のジョブスクリプト例の4行目のように、Octaveの実行の前にGnuplotのバージョンのパスを設定することで、呼び出すバージョンを指定することができます。（Gnuplot5.2.4を呼び出す場合の例です）
パスを設定しない場合、デフォルトのバージョンが呼び出されます。
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#!/bin/bash #PBS -q OCTOPUS #PBS -l elapstim_req=1:00:00 export PATH=/octfs/apl/Gnuplot/5.2.4/bin:$PATH cd $PBS_O_WORKDIR /octfs/apl/Octave/5.1.0/bin/octave-5.1.0 file.m |
・Octaveの設定ファイル「.octaverc」を作成する
ホームディレクトリにOctaveの設定ファイル「.octaverc」を作成し、下記の一文を記述してください。
gnuplot_binary="[Gnuplotの実行ファイルのパス]"
上記のように記述することで、Octaveから呼び出されるデフォルトのGnuplotの実行ファイルを設定できます。
例えば、5.2.4を呼び出す場合は「gnuplot_binary="/octfs/apl/Gnuplot/5.2.4/bin"」と記述してください。
2018.08.02
XQuartsの仕様変更により、Xwindowを使用する場合に正しく起動しないことがあります。
対策
1. MacOS の xterm 上で以下のコマンドを実行してください。
XQuarts 2.7.10 以降で、iglx が標準で使えなくなったため、以下のコマンドを実行しないとエラーが出力されます。
$ defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true
2. SSH の X 転送を早くするチューニングを実施してください。
JavaFX使用する一部のアプリケーションでは、上記設定にて若干挙動が軽くなる可能性があります。
<.ssh/config 設定例>
Host *
Compression yes
ForwardX11 yes
Ciphers blowfish-cbc,arcfour
2017.10.30
企業を含め、学外の方との共同研究でも利用可能です。
2016.10.18
エラーの詳細（一例）
Attempting to connect to license server
Received license from server
Checking hostid 0
OM(Root) -> X Error of failed request: BadValue (integer parameter out of range for operation)
Major opcode of failed request: 150 (GLX)
Minor opcode of failed request: 3 (X_GLXCreateContext)
Value in failed request: 0x0
Serial number of failed request: 4664
Current serial number in output stream: 4666
このエラーが出力される場合は、起動時に-nohwを引数に追加して、ソフトウェアレンダラーモードでの起動をお試しください。
起動例
avs -nohw
以下の環境変数を設定することでも可能です。
XP_DEFAULT_RENDERER=SW
この方法で改善しない場合は、下記のWEBフォームよりご連絡くださいませ。
お問い合わせフォーム
2016.08.24
利用者様の方で、ご自身のディスク領域に対して、特定のライブラリやアプリケーションをインストールされる場合、許可は不要です。(管理者権限を要しない場合は、許可不要です。)
センター側でのインストールを希望する場合は、下記のお問い合わせフォームよりご連絡くださいませ。(管理者権限を要する場合は、ご連絡ください。)
お問い合わせフォーム
ライブラリやアプリケーションの内容によっては、お断りする場合や、利用者様自身でのインストールをお願いする場合がございます。あらかじめご了承くださいませ。
2015.05.25
下記で解説しておりますので、ご参照ください。
GROMACSの利用方法
2014.12.17
いくつかの原因が考えられますので、まずエラーメッセージをご確認ください。
Xサーバ環境が整っていない場合
下記のようなエラーメッセージが表示されます(あくまで一例です)
サーバはこのマシンに転送を試みました。
localhost上のXサーバへの接続を要求しました（ディスプレイ0:0）。
接続は拒否されました（おそらくサービス停止中です）。
転送接続を終了します。
フロントエンドでAVS/Expressをご利用いただく場合、Xサーバ環境を必須となります。
まず下記をご参照いただき、Xサーバ環境の設定をご確認ください。
可視化ソフトウェア AVS/Express Xサーバ環境のアプリケーションを利用する方法
ライセンスが不足している場合
下記のようなエラーメッセージが表示されます。
…
Could not get license from server: license limit exceeded
Found and opened license file: /sc/cmc/apl/AVS/v8.2/express82/license.dat
Product name does not match: LICSERV != EXPRESS
Use-limited licenses must be obtained from a license server
Failed to find a valid license.
…
AVS/Expressは同時利用いただけるライセンス数には限りがございます。
他の人が利用している間は、利用できません。
しばらくしてからもう一度お試しください。
解決しない場合、system{a}cmc.osaka-u.ac.jpまでご連絡ください。
上記に該当しない場合
システムに問題がある可能性があります。
system{a}cmc.osaka-u.ac.jpまでご連絡ください。
2014.07.14
基本的にはインストールマシン全ての情報を送付いただく必要があります。
ただ、1台につき1枚の申請書というわけでは無いので、まとめて記載し提出いただいても結構です。
2014.07.14
Users's Reference に記載されてるコマンドは存在しますので可能です。
Utility Programs http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm
利用する場合は、バッチリクエスト用シェルスクリプト内に、Referenceに記載の方法で記述しバッチリクエストを投入してください。
例）カレントフォルダにあるwater.chkをwater.fchkに変換している（PCクラスタ）
以下の一行をバッチリクエスト用のシェルスクリプト内に記述。
${g09root}/g09/formchk water.chk water.fchk
マニュアル等を参考にお試しいただければと思います。
2014.07.14
大阪大学内であれば、貸し出し可能です。
下記までご連絡ください。
system{a}cmc.osaka-u.ac.jp
