オープンサイエンスを促進する計算・ストレージ基盤「OCTOPUS」の利用方法について解説します。
OCTOPUSについて知りたい方はこちらをご覧ください。
現在、BIOS 不具合によりメモリ使用量に制限がございます。
OCTOPUS には 1 ノードあたり 768 GB の物理メモリを搭載しており、計算ジョブでは通常 760 GB まで利用可能となっております。
しかし現在、 BIOS の不具合により計算ジョブでは 1 ノードあたり最大 742 GB までしかご利用いただけません。742 GB を上回った場合はジョブが強制終了しますのでご注意ください。
はじめに
1. 接続
ログイン方法
ログイン方法（HPCI利用者向け）
ファイル転送方法（ローカル⇔OCTOPUS）
ファイル転送方法（アカウントA⇔アカウントB）
ファイル転送方法（OCTOPUS⇔SQUID）
OCTOPUS Nextcloudの利用方法（WEBブラウザを使ったファイル転送方法）
2. フロントエンド
ファイルシステム利用方法（ストレージの容量について）
フロントエンド利用方法
環境設定
利用状況の確認方法
3. プログラム開発
プログラム作成の基礎知識
エディタ利用方法
コンパイラ・ライブラリ利用方法
4. プログラム実行方法
バッチ利用について
ジョブスクリプトの書き方
スケジューラコマンドについて
OCTOPUSジョブクラス表
インタラクティブ利用について
ポイント制度について
Pythonの利用方法
Octaveの利用方法
Amazon DCVの利用方法
コンテナの利用方法
計算の実行待ち時間を短縮するために
汎用CPUノードの利用方法
基本的な利用方法
最適化・ベクトル化利用方法
OpenMP利用方法
Intel MPI利用方法
Intel MPI+OpenMP並列利用方法
FortranとC/C++オブジェクトのリンク方法
Open MPI利用方法
ライブラリ利用方法
1つのジョブで複数プログラムを実行する方法
5. アプリケーション利用方法
インストールされているソフトウェア・ライブラリ一覧
Miniforge
NEC Vector Annealing
ABINIT-MP
AVS/Express
GAMESS
Gaussian16
GROMACS
IDL
LAMMPS
OpenFOAM
QuantumESPRESSO
GENESIS
X サーバ環境のアプリケーションを利用する方法
利用マニュアル
OCTOPUS利用者向けマニュアル
OCTOPUSに関連する公式マニュアル/ドキュメント
ポータルページ
- 今年度に実行した投入ジョブ件数、ノード時間といった実績をご確認いただけます。
- ポータルへのログインは2段階認証となります。ログイン方法、利用方法はマニュアルをご参照ください。
来歴管理システム
Data Provenance System for HPC
Data Provenance System for HPC 利用者マニュアル
- Data Provenance System for HPC (DPS4H) で収集された来歴情報を閲覧することができます。
