Anacondaはデータサイエンス向けに作成された、Python向けのディストリビューションです。
本ページでは、Anacondaで仮想環境を作成し、ソフトウェアインストールする方法を解説します。
 
Anacondaは、以下のサイトで配布されています。詳細な利用方法はこちらをご参照ください。
Anaconda.com
 

利用方法

    ご利用いただく前にパスを設定してください。

    export PATH=/octfs/apl/Anaconda3/bin:$PATH

     

    仮想環境の一覧表示

      すでに構築済の仮想環境一覧を表示します。OCTOPUSにインストールされている機械学習プラットフォームの一部は、Anacondaで構築された仮想環境上にインストールされています。

      conda info -e

      # conda environments:
      #
      py35chainer /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35chainer
      py35chainer-gpu /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35chainer-gpu
      py35keras /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35keras
      py35tensorflow /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35tensorflow
      py35tensorflow-gpu /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35tensorflow-gpu
      py35theano /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35theano
      testcaffe /octfs/apl/Anaconda3/envs/testcaffe

       

    仮想環境の新規作成

      新規に、test-envという仮想環境をユーザ領域に作成する際の手順を示します。

      まず、仮想環境の生成先として、work領域配下のconda_envディレクトリを指定します。（特に何も指定しなかった場合、home領域配下の.condaディレクトリで仮想環境が生成され、容量オーバーとなる可能性があります）

      conda config --add envs_dirs /octfs/work/(グループ名)/(利用者番号)/conda_env

      仮想環境test-envを生成します。

      conda create --name test-env python=3.4

      仮想環境一覧を表示すると、test-envが生成されていることがわかります。

      conda info -e
      # conda environments:
      #
      test-env /octfs/work/syskan/w60020/conda_env/test-env
      py35chainer /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35chainer
      py35chainer-gpu /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35chainer-gpu
      py35keras /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35keras
      py35tensorflow /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35tensorflow
      py35tensorflow-gpu /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35tensorflow-gpu
      py35theano /octfs/apl/Anaconda3/envs/py35theano
      testcaffe /octfs/apl/Anaconda3/envs/testcaffe

       

      【TIPS】既存の仮想環境を複製する方法
      py35tensorflowのような、あらかじめシステム領域に用意された仮想環境に対しては、任意のソフトウェアをインストールすることは出来ません。しかし、ご自身の領域に仮想環境を複製することで可能となります。
      以下は、py35tensorflowを複製したmy_py35tensorflowという仮想環境を生成するコマンドです。

      conda create -n my_py35tensorflow --clone="/octfs/apl/Anaconda3/envs/py35tensorflow"

    仮想環境の有効化

      仮想環境test-envを有効にします。

      source activate test-env

       

    仮想環境上でのソフトウェアインストール

      仮想環境test-envにPythonのライブラリnumpyをインストールします。計算ノードから外部への通信はできませんので、インストールはフロントエンドノードで実施してください。

      conda install numpy

       

    仮想環境の無効化

      仮想環境test-envを無効にします。

      source deactivate test-env

       

 

備考:MPI+Pythonの利用方法

    Anacondaでmpi4pyライブラリを導入することで、MPIを使ったPythonの並列計算が可能です。ただしIntel版をご利用いただく必要があります。手順は以下のとおりです。

    conda config --add channels intel # Intelチャンネルを追加
    conda create -n mpi4py-env # 仮想環境を作成
    source activate mpi4py-env # 仮想環境を有効化
    conda install mpi4py # mpi4pyをインストール

     

    ジョブスクリプト例は以下のとおりです。