HPCI以外のグループからHPCI共用ストレージをマウントしたい / 阪大を利用しないHPCI課題で採択されたHPCI共用ストレージをマウントしたい場合、以下のような手順となります。事前に、マウントポイントを用意する必要がありますので、こちらからお問い合わせください。
 
1. HPCI 証明書発行システムで代理証明書を発行し、リポジトリに格納します。
 

2. フロントエンドサーバにログイン後、次のコマンドを実行し、代理証明書をダウンロードしてください。

myproxy-logon -s portal.hpci.nii.ac.jp -l hpciXXXX(HPCI-ID) -t168

3. 次のコマンドを実行し、HPCI共用ストレージを「/gfarm/(project ID)/(user ID)」(マウントポイント)にマウントします。

mount.hpci

4. 利用を終了次第、HPCI共用ストレージをアンマウントします。

umount.hpci

HPCI共用ストレージについては、こちらのHPCI共用ストレージ利用マニュアルをご参照ください。

試用制度のアカウントを一般利用へ引き継ぐことが可能です。アカウント情報、ストレージのデータなどをそのままご利用いただけます。
引継ぎを行う場合、下記の利用者管理システムから「利用資源追加申請」を行ってください。
利用者管理システム
 

「利用資源追加申請」の手順については下記のページに掲載しています。
利用資源追加申請

接続を行っている端末のターミナルソフトがフロントエンドサーバ接続時に環境変数を引き継ぐように設定している場合、このメッセージが表示されます。以下の2通りの方法をお試しください。
 

使用しているターミナルソフトの設定を変更する

自身の使用しているターミナル上の/etc/ssh_configファイルの"SendEnv"の記述を下記のようにコメントアウトしてください。
　※フロントエンドに接続していない状態で行ってください。

Host *
# SendEnv LANG LC_*

フロントエンドサーバ接続時に自動で環境変数が設定されるようにする（ターミナルの設定を変更したくない場合）

profileファイルに下記のように記述してください。
bashの場合.bash_profileに記述します。

LC_ALL=en.US UTF=8

標準出力ファイル、標準エラー出力ファイルは、umaskコマンドで指定したパーミッションに従い、出力されます。フロントエンド上でumaskコマンドを実行し、指定してください。
 承ください。

ノード時間を残高以上に使用した場合(ノード時間を使い過ぎてしまった場合)に、そのような表記になります。
※当センターではノード時間を1日に1度取得しますので、ノード時間の残高以上の計算も実行できてしまいます。

本来ですと、ノード時間を使い切った時点で、
(1)ジョブの新規投入
(2)投入されている全てののジョブの実行
の両方を止めるべきなのですが、当センターのシステムの都合により、(2)を止める機能を搭載できていないため、このようなこととなります。

たとえば、8月1日時点で、usage_viewは下記のような表示だったとします。残りノード時間(remaining)は200ノード時間です。
 

[ SX-ACE ]
shared use : 300 / 500 node-hour (remaining : 200 node-hour)

仮に、8月1日にSX-ACEで20ノードを使った、15時間のジョブを実行したとしますと、計300ノード時間を消費することになります。
8月2日のusage_viewは下記のようになり、残りノード時間(remaining)に負の値が表示されます。
 

[ SX-ACE ]
shared use : 600 / 500 node-hour (remaining : -100 node-hour)

使いすぎてしまった分については、改めて料金を請求することはございませんので、ご安心くださいませ。
 

ただし、もし年度中に「資源追加」された場合は、使い過ぎてしまったノード時間分を追加分から差し引いて処理することになりますので、ご了承くださいませ。
年度を越えた際に、使用されたノード時間の情報は全てリセットされます。
 

qstatやsstatコマンドは実行中にライセンスを消費します。
平常利用においては、十分なライセンスを確保しておりますが、短い周期で定期実行されますと、ライセンスが不足し、他の利用者が利用できない状態に陥る可能性があります。
 
定期的な実行はできるだけお控えいただき、もしどうしても必要ということでしたら10分周期程度でご利用いただきますよう、よろしくお願いいたします。

システムを利用中の方については、センター側でデータを削除することはありません。
 
「ディスク容量の超過」についてですが、ディスクの容量は、基本的に「quota」という、Linuxのグループやユーザ毎にディスクを割り当てる機能を使っております。「quota」で決められた容量を超過しそうな場合は、対象の領域(この場合ext領域)について、新規のディスク書き込みができない状態になります。閲覧・削除等は可能です。
新規のディスク書き込みが出来なくなりますので、Writeを行うようなジョブは全てエラーとなってしまいます。ご注意ください。

申請代表者様は、その申請枠内(同一グループ内)で利用者を追加登録することができます。
詳細については下記をご参照くださいませ。

利用者の追加/変更/削除について

下記、お問い合わせフォームより承っております。ご連絡くださいませ。
お問い合わせフォーム

他の利用者様のジョブ投入状況を確認することは出来ません。ご了承くださいませ。

利用者様の方で、ご自身のディスク領域に対して、特定のライブラリやアプリケーションをインストールされる場合、許可は不要です。(管理者権限を要しない場合は、許可不要です。)
 
センター側でのインストールを希望する場合は、下記のお問い合わせフォームよりご連絡くださいませ。(管理者権限を要する場合は、ご連絡ください。)
 
お問い合わせフォーム

ライブラリやアプリケーションの内容によっては、お断りする場合や、利用者様自身でのインストールをお願いする場合がございます。あらかじめご了承くださいませ。

はい。各計算機資源に対して、Pythonの利用環境を提供しております。

試用制度では3ヶ月間一定のポイントをご利用いただけます。それ以外は特に制限が無く、通常の利用と同様の扱いとなります。
 
ノード時間の算出方法についてはこちらをご覧ください。
OCTOPUSポイントの算出方法についてはこちらをご覧ください
試用制度の詳細、申し込み方法はこちらをご覧ください。

利用者様の方では、混雑状況を確認することは出来ません。
 
空いておりましたら、すぐにASG状態（アサイン状態：実行がスケジューリングされた状態）になりますので、sstatコマンドで表示されるSTT項目の結果をもって判断いただけますと幸いです。
 
もし何かスクリプトやシステムに問題があって、QUE状態になっている場合は、こちらからお知らせいたします。

サイバーメディアセンターの大規模計算機システムでは、フロントエンドからのSFTP、SSH、SCP等は使用できません。
また、所属グループを変更しグループパーミッションを変更の上、ファイルを共有するといったことも、システム上できません。
 
ローカルとフロントエンド間のSFTPは可能ですので、ご自身の端末を経由していただき、転送していただきますよう、お願いいたします。

ファイル形式が、BOM（Byte Order Mark）付きの形式となっており、バッチスクリプトの1行目のシェル指定が正しく認識されていない可能性があります。
BOM付きかどうかは、下記で確認可能です。
 

% file nqs.sh

BOMはviなどのエディタで編集可能ですので、削除いただいた上で、再度ジョブの投入をお願いいたします。
下記に、viでの編集例を示しています。
 

編集例
% vi -b nqs.sh (-bオプションを付けてください)
 
<feff>#!/bin/csh
^^^^上記の<feff>という文字がBOMとなります。こちらを削除し、保存してください。
 

投入したジョブクラスに誤りがある可能性があります。
再度ご確認の上、問題なさそうであれば下記までご連絡ください。
 
お問い合わせ

当該エラーメッセージは、qsub/qstatコマンドのライセンス数制限を超過していることを示しています。
 
ライセンス数は十分な数を用意しておりますが、コマンドの実行が集中した場合に、一時的に不足する可能性があります。
当該エラーメッセージを確認された場合は、以下からご連絡くださいませ。
 
お問い合わせフォーム

「.cshrc」ファイルで、他のシェルを起動していないかご確認ください。
sftp-serverはcshから起動を行いますので、他のシェルを起動しているとsftp-serverが起動できずtimeoutとなります。「.cshrc」ファイルから、他シェル起動の処理を削除の上、再度お試しください。
 
解決しない場合は、お手数かと思いますが、下記よりご連絡ください。
お問い合わせフォーム

以下のサイトの「パスワード初期化申請をする」ボタンより申請ください。

Web利用申請システム

(質問の補足)

計算機で下記のような処理を行ったとします。
./a.out > output.txt
a.outの実行結果はoutput.txtに書き込まれるのですが、計算中にoutput.txtを確認しても、出力結果が反映されるのが非常に遅いのではないか、という質問です。

 
(回答)
データ書き込みは、下記のような仕組みで行っています。
それぞれバッファやキャッシュに溜め込む形で、書き出し処理を行っているため、フロントエンドでファイルが確認できるまで時間を要します。
 

1. FORTRAN側の動作

プログラムからの print 実行時、F_SETBUF の設定により、ファイルへのwrite 発行契機が変わります。

- 環境変数F_SETBUFが未設定の場合は、wsize のサイズ分だけバッファされたのち、writeが発行されます
- F_SETBUF=0 設定した場合は、print毎でwriteを発行します

2. ファイルシステム側の動作

write が発行されると、データキャッシュに writeデータを書き込みます。データキャッシュ内のデータは、下記を契機に IOサーバへデータを送信します。

- プログラムでデータのフラッシュを実行した場合（ex. FORTRANの call flush(6) ／ Cの fsync(2)）
- ファイルをクローズした場合
- データキャッシュが一杯になった場合

 
「1. FORTRAN側の動作」による影響は小さいと予想されるため、時間がかかる原因としては主に「2. ファイルシステム側の動作」のデータキャッシュサイズによるものです。
 
リアルタイムに近い出力を希望される場合、FORTRANプログラム内にて、print実行後に、call flush(6) を実行し、標準出力への内容をフラッシュしていただく必要があります。
これにより、flush実行毎にリダイレクト先ファイルへ反映されます。
※当センターのファイルシステムは、ScateFS(Scalable Technology File System)という独自のファイルシステムを搭載しております。「2.ファイルシステム側の動作」の挙動はScateFSの仕様によるものです。
※sxf03コンパイラは対応していません。
 

関連するFAQ
SX-ACEの標準出力で、MPIの計算結果をリアルタイムに確認したい

接続方法はこちらをご覧ください。
ログイン方法
 
HPCIやJHPCN-HPCIシステムで利用する場合は、こちらをご覧ください。
ログイン方法(HPCI利用者向け)

利用申し込みについては下記をご参照ください。
新規利用申請

当センターで提供しております大規模計算機システムの紹介に掲載しております。ご覧くださいませ。

システム紹介

当センターで提供しております大規模計算機システムの利用資格、利用規定を下記に掲載しております。ご覧くださいませ。

利用資格と利用規定

環境変数やオプションはsetenvも設定できますが、マルチノードでジョブを実行した場合は、
スレーブノードにsetenvで指定した環境変数が設定されません。
マルチノードでジョブを実行する場合は、NQSIIの-vオプションをご利用ください。

#PBS -v [環境変数orオプション]=[設定内容]

のように指定します。

ディスク使用状況を確認するコマンドを提供しております。
下記をご覧ください
利用状況の確認方法

利用終了には特別な手続きは必要ありません。継続申請をしなかった場合に、当年度末をもって利用終了となります。

以下のコマンドを実行することで、
ジョブの予約状況を確認することが可能です。

sstat

実行開始時刻が決定していると、
STT(スケジューリング状態)がASG(Assigned)となり、PlannedStartTime（実行開始予定時間）に開始時刻が表示されます。詳細は下記をご覧ください。

スケジューラコマンドについて

スクリプトファイルにおける、制御コードに問題がある可能性があります。
当センターのシステムでは、文字コードはUTF-8となっておりますので、パソコンからファイル転送する際は、アスキーコードで送付するか、nkf コマンドで文字コード・改行コードを変換する必要があります。